Wpływ zmienności COVID-19 SARS-CoV-2 na pacjentów hospitalizowanych na OIOM z ciężką chorobą (SEVARVIR)

Wstęp: Wpływ pojawienia się wariantów SARS-CoV-2 na ciężkość i wyniki kliniczne COVID-19 jest kontrowersyjny. We wstępnych badaniach oszacowano, że prawdopodobieństwo zgonu związane z wariantem budzącym obawy (VOC) B.1.1.7, wariant brytyjski jest o 55% wyższy niż w przypadku wcześniej istniejących wariantów. Jednak w innym badaniu nie stwierdzono żadnej różnicy. Sugeruje się, że w Brazylii zakażenie VOC P1 wiąże się ze zwiększoną śmiertelnością wśród młodych dorosłych. Wpływ innych „wariantów budzących obawy” (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2 lub najnowsze warianty Omicron) lub „interesujące warianty” (A27, B.1.525, itp.) na ciężkość choroby i rokowanie w ciężkich postaciach nie jest znane. Mówiąc bardziej ogólnie, nie wiadomo, czy cechy wirusologiczne, w tym wzorce mutacji różnych białek wirusowych (np. Spike, białka NSP, ORF6) mogą być związane z inną odpowiedzią immunologiczną i późniejszą ciężkością choroby. W nadchodzących miesiącach nowe warianty niosące te same lub nowe wzorce mutacji będą nadal pojawiać się na różnych obszarach geograficznych w wyniku zbiorowej presji immunologicznej wywołanej naturalną infekcją i szczepieniami. Monitorowanie ich dynamiki w czasie i ich wpływu na nasilenie choroby jest wymagane w celu udoskonalenia krajowych i międzynarodowych polityk zwalczania chorób.

W ramach tego projektu zostanie przeprowadzona duża prospektywna, wieloośrodkowa kohorta obserwacyjna promowana przez Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), aby zrozumieć wpływ zmienności genetycznej SARS-CoV-2 na wynik choroby COVID-19 u pacjentów z ciężką chorobą. Badanie obejmie krytycznie chorych pacjentów hospitalizowanych z powodu ostrej niewydolności oddechowej/zespołu ostrej niewydolności oddechowej (ARDS) związanej z COVID-19. Celem pracy będzie scharakteryzowanie wariantów SARS-CoV-2 stwierdzonych w tej populacji w czasie oraz identyfikacja i fenotypowa charakterystyka określonych mutacji/wzorców mutacji związanych z różnymi wynikami klinicznymi (pierwszorzędowy kliniczny punkt końcowy zdefiniowany jako śmiertelność w ciągu dnia 28). Wpływ mutacji na zakaźność wirusa, wrażliwość na przeciwciała neutralizujące oraz zdolność do indukowania produkcji cytokin zostanie oceniony odpowiednio in vitro i ex vivo, w odpowiednich modelach dostępnych w laboratorium. Oprócz sekwencjonowania genomu wirusowego pełnej długości, nasza wewnętrzna metoda metagenomiki strzelby zostanie wykorzystana do scharakteryzowania wpływu odmian SARS-CoV-2 na profile ekspresji transkryptomicznej układu oddechowego i związek z klinicznymi profilami ewolucyjnymi.

Projekt badania Prospektywne wieloośrodkowe obserwacyjne badanie kohortowe

Cel główny: Rozwikłanie zależności między określonymi mutacjami/wzorcami mutacji wirusowych a wynikami klinicznymi COVID-19 u pacjentów hospitalizowanych na oddziałach intensywnej terapii (OIOM) z powodu ostrej niewydolności oddechowej po ciężkim zakażeniu SARS-CoV-2.

Harmonogram badania: Okres włączenia: 24 miesiące; Okres uczestnictwa: 28 dni; Całkowity czas trwania: 24 miesiące + 28 dni;