Virkningen af ​​COVID-19 SARS-CoV-2-variabilitet i intensive hospitalsindlagte patienter med svær sygdom (SEVARVIR)

Baggrund: Virkningen af ​​fremkomsten af ​​SARS-CoV-2-varianter på sværhedsgraden og de kliniske resultater af COVID-19 er kontroversiel. Foreløbige undersøgelser estimerede, at sandsynligheden for død i forbindelse med variant af bekymring (VOC) B.1.1.7, den britiske variant, er 55 % højere end den, der er forbundet med allerede eksisterende varianter. Der er dog ikke fundet forskel i en anden undersøgelse. I Brasilien er infektion med VOC P1 blevet foreslået at være forbundet med en øget dødelighed blandt unge voksne. Effekten af ​​andre "varianter af bekymring" (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2 eller de seneste Omicron-varianter) eller "varianter af interesse" (A27, B.1.525, osv.) om sygdommens sværhedsgrad og prognosen for alvorlige former er ukendt. Mere generelt er det ukendt, om virologiske karakteristika, herunder mutationsmønstrene af de forskellige virale proteiner (f.eks. Spike, NSP-proteiner, ORF6) kan være forbundet med et andet immunrespons og den efterfølgende sværhedsgrad af sygdommen. I de næste kommende måneder vil nye varianter, der bærer de samme eller nye mutationsmønstre, fortsætte med at dukke op i forskellige geografiske områder, som et resultat af det kollektive immunpres induceret af naturlig infektion og vaccination. Overvågning af deres dynamik over tid og deres indvirkning på sygdommens sværhedsgrad er nødvendig for at forfine nationale og internationale sygdomsbekæmpelsespolitikker.

I dette projekt vil en stor prospektiv multicenter observationskohorte, der fremmes af Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), blive udført for at forstå effekten af ​​SARS-CoV-2 genetiske variabilitet på resultatet af COVID-19 sygdom hos patienter med svær sygdom. Undersøgelsen vil omfatte kritisk syge patienter indlagt for akut respirationssvigt/akut respiratorisk distress syndrom (ARDS) forbundet med COVID-19. Formålet med arbejdet vil være at karakterisere de SARS-CoV-2 varianter, der findes i denne population over tid, og at identificere og fænotypisk karakterisere specifikke mutationer/mutationsmønstre forbundet med de forskellige kliniske resultater (primært klinisk endepunkt defineret som mortalitet på dag- 28). Mutationernes indvirkning på viral infektivitet, følsomhed over for neutraliserende antistoffer og evne til induceret cytokinproduktion vil blive vurderet in vitro og ex-vivo henholdsvis i passende modeller, der er tilgængelige i laboratoriet. Ud over fuldlængde viral genomsekventering vil vores interne haglgeværmetagenomiske metode blive brugt til at karakterisere effekten af ​​SARS-CoV-2-variationer på respiratoriske transkriptomiske ekspressionsprofiler og forholdet til de kliniske evolutionære profiler.

Design af undersøgelsen Prospektiv multicenter observationskohorteundersøgelse

Hovedformål: At opklare forholdet mellem specifikke virale mutationer/mutationsmønstre og de kliniske resultater af COVID-19 hos patienter indlagt på intensivafdelinger (ICU'er) for akut respirationssvigt efter alvorlig SARS-CoV-2-infektion.

Tidsplan for undersøgelsen: Inklusionsperiode: 24 måneder; Deltagelsesperiode: 28 dage; Samlet varighed: 24 måneder + 28 dage;