Impatto della variabilità di COVID-19 SARS-CoV-2 nei pazienti ricoverati in terapia intensiva con malattia grave (SEVARVIR)

Contesto: l'impatto dell'emergenza delle varianti SARS-CoV-2 sulla gravità e sugli esiti clinici di COVID-19 è controverso. Studi preliminari hanno stimato che la probabilità di morte associata alla variante preoccupante (VOC) B.1.1.7, la variante del Regno Unito, è superiore del 55% rispetto a quella associata alle varianti preesistenti. Tuttavia, nessuna differenza è stata trovata in un altro studio. In Brasile, è stato suggerito che l'infezione da VOC P1 sia associata a un aumento del tasso di mortalità nei giovani adulti. L'effetto di altre "varianti preoccupanti" (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2, o le più recenti varianti Omicron) o "varianti di interesse" (A27, B.1.525, ecc.) sulla gravità della malattia e sulla prognosi delle forme gravi non è nota. Più in generale, non è noto se le caratteristiche virologiche, inclusi i pattern mutazionali delle diverse proteine ​​virali (ad esempio, Spike, proteine ​​NSP, ORF6) possano essere associate a una diversa risposta immunitaria e alla conseguente gravità della malattia. Nei prossimi mesi continueranno ad emergere nuove varianti portatrici dello stesso o di nuovi pattern mutazionali in diverse aree geografiche, come risultato della pressione immunitaria collettiva indotta dall'infezione naturale e dalla vaccinazione. Il monitoraggio delle loro dinamiche nel tempo e del loro impatto sulla gravità della malattia è necessario per affinare le politiche nazionali e internazionali di controllo delle malattie.

In questo progetto, sarà condotta un'ampia coorte osservativa multicentrica prospettica promossa dall'Assistenza Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), per comprendere l'effetto della variabilità genetica di SARS-CoV-2 sull'esito della malattia COVID-19 nei pazienti con grave malattia. Lo studio includerà pazienti in condizioni critiche ricoverati per insufficienza respiratoria acuta/sindrome da distress respiratorio acuto (ARDS) associata a COVID-19. L'obiettivo del lavoro sarà quello di caratterizzare nel tempo le varianti di SARS-CoV-2 riscontrate in questa popolazione e di identificare e caratterizzare fenotipicamente specifiche mutazioni/pattern mutazionali associati ai diversi esiti clinici (endpoint clinico primario definito come mortalità diurna). 28). L'impatto delle mutazioni sull'infettività virale, la sensibilità agli anticorpi neutralizzanti e la capacità di indurre la produzione di citochine sarà valutato rispettivamente in vitro ed ex-vivo, in opportuni modelli disponibili in laboratorio. Oltre al sequenziamento del genoma virale a lunghezza intera, il nostro metodo di metagenomica shotgun interno verrà utilizzato per caratterizzare l'effetto delle variazioni di SARS-CoV-2 sui profili di espressione trascrittomica respiratoria e la relazione con i profili evolutivi clinici.

Disegno dello studio Studio di coorte osservazionale multicentrico prospettico

Obiettivo principale: svelare le relazioni tra specifiche mutazioni virali/schemi mutazionali e gli esiti clinici di COVID-19 in pazienti ricoverati in unità di terapia intensiva (ICU) per insufficienza respiratoria acuta a seguito di grave infezione da SARS-CoV-2.

Programma per lo studio: Periodo di inclusione: 24 mesi; Periodo di partecipazione: 28 giorni; Durata totale: 24 mesi + 28 giorni;