Inverkan av covid-19 SARS-CoV-2-variabilitet hos intensivvårdspatienter med allvarlig sjukdom (SEVARVIR)

Bakgrund: Effekten av uppkomsten av SARS-CoV-2-varianter på svårighetsgraden och de kliniska resultaten av covid-19 är kontroversiell. Preliminära studier uppskattade att sannolikheten för dödsfall i samband med variant av oro (VOC) B.1.1.7, den brittiska varianten är 55 % högre än den som är förknippad med redan existerande varianter. Ingen skillnad har dock hittats i en annan studie. I Brasilien har infektion med VOC P1 föreslagits vara associerad med en ökad dödlighet hos unga vuxna. Effekten av andra "varianter av oro" (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2, eller de senaste Omicron-varianterna) eller "varianter av intresse" (A27, B.1.525, etc.) om sjukdomens svårighetsgrad och prognosen för svåra former är okänd. Mer generellt, om virologiska egenskaper inklusive mutationsmönstren för de olika virala proteinerna (t.ex. Spike, NSP-proteiner, ORF6) skulle kunna associeras med ett annat immunsvar och efterföljande svårighetsgrad av sjukdomen är okänd. Under de kommande månaderna kommer nya varianter med samma eller nya mutationsmönster att fortsätta att dyka upp i olika geografiska områden, som ett resultat av det kollektiva immuntrycket som induceras av naturlig infektion och vaccination. Övervakning av deras dynamik över tid och deras inverkan på sjukdomens svårighetsgrad krävs för att förfina nationella och internationella sjukdomskontrollpolicyer.

I detta projekt kommer en stor prospektiv multicenter observationskohort som främjas av Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) att genomföras för att förstå effekten av SARS-CoV-2 genetiska variationer på resultatet av COVID-19-sjukdom hos patienter med svår sjukdom. Studien kommer att omfatta kritiskt sjuka patienter på sjukhus för akut andningssvikt/acute respiratory distress syndrome (ARDS) associerat med COVID-19. Målet med arbetet kommer att vara att karakterisera de SARS-CoV-2-varianter som finns i denna population över tid, och att identifiera och fenotypiskt karakterisera specifika mutationer/mutationsmönster associerade med de olika kliniska utfallen (primärt kliniskt effektmått definierat som mortalitet på dag- 28). Mutationernas inverkan på viral infektivitet, känslighet för neutraliserande antikroppar och förmåga till inducerad cytokinproduktion kommer att bedömas in vitro respektive ex-vivo, i lämpliga modeller tillgängliga i laboratoriet. Utöver sekvensering av viralt genom i full längd kommer vår interna metagenomiska metod för hagelgevär att användas för att karakterisera effekten av SARS-CoV-2-variationer på respiratoriska transkriptomiska uttrycksprofiler och förhållandet till de kliniska evolutionära profilerna.

Studiens design Prospektiv multicenter observationskohortstudie

Huvudmål: Att reda ut sambanden mellan specifika virala mutationer/mutationsmönster och de kliniska resultaten av COVID-19 hos patienter inlagda på intensivvårdsavdelningar (ICU) för akut andningssvikt efter allvarlig SARS-CoV-2-infektion.

Schema för studien: Inklusionsperiod: 24 månader; Deltagandeperiod: 28 dagar ; Total varaktighet: 24 månader + 28 dagar;