Impacto de la variabilidad de COVID-19 SARS-CoV-2 en pacientes hospitalizados en UCI con enfermedad grave (SEVARVIR)

Antecedentes: el impacto de la aparición de variantes del SARS-CoV-2 en la gravedad y los resultados clínicos de la COVID-19 es controvertido. Los estudios preliminares estimaron que la probabilidad de muerte asociada con la variante de preocupación (VOC) B.1.1.7, la variante del Reino Unido, es un 55% más alta que la asociada con las variantes preexistentes. Sin embargo, no se ha encontrado ninguna diferencia en otro estudio. En Brasil, se ha sugerido que la infección por VOC P1 está asociada con una mayor tasa de letalidad en adultos jóvenes. El efecto de otras "variantes de preocupación" (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2, o las variantes más recientes de Omicron) o "variantes de interés" (A27, B.1.525, etc.) sobre la gravedad de la enfermedad y se desconoce el pronóstico de las formas graves. En términos más generales, se desconoce si las características virológicas, incluidos los patrones mutacionales de las diferentes proteínas virales (p. ej., Spike, proteínas NSP, ORF6) podrían estar asociadas con una respuesta inmunitaria diferente y la subsiguiente gravedad de la enfermedad. En los próximos meses, seguirán surgiendo nuevas variantes con los mismos o nuevos patrones mutacionales en diferentes áreas geográficas, como resultado de la presión inmunológica colectiva inducida por la infección natural y la vacunación. Es necesario monitorear su dinámica a lo largo del tiempo y su impacto en la gravedad de la enfermedad para refinar las políticas nacionales e internacionales de control de enfermedades.

En este proyecto, se llevará a cabo una gran cohorte observacional prospectiva multicéntrica promovida por Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), para comprender el efecto de la variabilidad genética del SARS-CoV-2 en el resultado de la enfermedad COVID-19 en pacientes. con enfermedad severa. El estudio incluirá pacientes en estado crítico hospitalizados por insuficiencia respiratoria aguda/síndrome de dificultad respiratoria aguda (SDRA) asociado con COVID-19. El objetivo del trabajo será caracterizar las variantes del SARS-CoV-2 encontradas en esta población a lo largo del tiempo, e identificar y caracterizar fenotípicamente mutaciones/patrones mutacionales específicos asociados a los diferentes desenlaces clínicos (punto final clínico primario definido como la mortalidad al día). 28). El impacto de las mutaciones en la infectividad viral, la sensibilidad a los anticuerpos neutralizantes y la capacidad para inducir la producción de citoquinas se evaluarán in vitro y ex vivo respectivamente, en modelos apropiados disponibles en el laboratorio. Además de la secuenciación completa del genoma viral, nuestro método interno de metagenómica de escopeta se utilizará para caracterizar el efecto de las variaciones del SARS-CoV-2 en los perfiles de expresión transcriptómica respiratoria y la relación con los perfiles evolutivos clínicos.

Diseño del estudio Estudio de cohortes observacional multicéntrico prospectivo

Objetivo principal: desentrañar las relaciones entre mutaciones virales específicas/patrones mutacionales y los resultados clínicos de COVID-19 en pacientes hospitalizados en unidades de cuidados intensivos (UCI) por insuficiencia respiratoria aguda después de una infección grave por SARS-CoV-2.

Cronograma del estudio: Período de inclusión: 24 meses; Período de participación: 28 días; Duración total: 24 meses + 28 días;