Endometrióza a peritoneální dysbióza

Hlavním cílem projektu je analyzovat střevní, peritoneální a děložní mikrobiom u žen, které podstoupily laparoskopii z důvodu endometriózy (rameno 1) nebo idiopatické neplodnosti (rameno 2). Detailními cíli jsou: i) analýza korelace mezi složením střevního, peritoneálního a děložního mikrobiomu se stádiem endometriózy dle ASRM, ii) kvalitativní srovnání střevního a peritoneálního mikrobiomu s mikrobiomem děložní dutiny u žen s endometriózou vs. idiopatická neplodnost, iii) analýza korelace mezi složením střevního, peritoneálního a děložního mikrobiomu s intenzitou bolesti a neplodnosti, iv) porovnání kvality života v obou ramenech a posouzení její korelace s lokálním mikrobiomem. Kvalita života bude hodnocena v obou ramenech pomocí dotazníku SF-36 a následně porovnána. Vlastní dotazník SF-36 pokrývá osm zdravotních domén: fyzické fungování (10 položek), tělesná bolest (2 položky), omezení role kvůli fyzickým zdravotním problémům (4 položky), omezení role kvůli osobním nebo emocionálním problémům (4 položky ), emoční pohodu (5 položek), sociální fungování (2 položky), energii/únavu (4 položky) a celkové vnímání zdraví (5 položek). Skóre pro každou doménu se pohybuje od 0 do 100, přičemž vyšší skóre definuje příznivější zdravotní stav. Studijní skupinu budou tvořit ženy ve fertilním věku, podstupující chirurgickou léčbu pánevní endometriózy nebo idiopatické neplodnosti. Před operací bude odebrán vzorek stolice na vyšetření střevního mikrobiomu. Při plánované laparoskopii bude kromě plánovaného výkonu, který je účelem hospitalizace, provedena aspirační biopsie endometria a odebrána tekutina z peritoneální dutiny a/nebo tekutina z ovariální cysty pro analýzu lokálního mikrobiomu. Biologický materiál (stolice, tekutina z peritoneální/ovariální cysty, aspirát endometria) bude zajištěn a následně podroben molekulární analýze metodou Next Generation Sequencing (NGS). Fáze budou zahrnovat: i) izolaci bakteriální DNA z biologických materiálů, ii) přípravu knihoven pro sekvenování, včetně provedení metod PCR a nested-PCR na izolátech bakteriální DNA z testovaných vzorků biologických materiálů, iii) purifikaci amplifikační produkty, indexace, validace koncentrace amplikonů, sdružování a denaturace knihoven, iv) standardizace a optimalizace postupu pro izolaci bakteriální metagenomické DNA z biologických materiálů ze střev, peritoneální dutiny, děložní dutiny a tkání endometria, v) standardizace metody nested-PCR na izolátech bakteriální DNA z testovaných biologických materiálů, vi) předložení vzorků k sekvenování. Sekvenační data budou podrobena bioinformatické analýze za účelem získání bakteriálních profilů (procentuální složení místní bakteriální populace podle kmenů a rodů). Cílem je charakterizovat mikrobiom střev, pobřišnice a dutiny děložní u žen podstupujících chirurgickou léčbu endometriózy nebo invazivní diagnostiku idiopatické neplodnosti a porovnat bakteriální populace v těchto lokalitách, které mohou poskytnout informace i o původu bakterií. v peritoneální dutině.