Endometrioza i dysbioza otrzewnej

Głównym celem projektu jest analiza mikrobiomu jelitowego, otrzewnej i macicy u kobiet poddawanych laparoskopii z powodu endometriozy (ramię 1) lub niepłodności idiopatycznej (ramię 2). Cele szczegółowe to: i) analiza korelacji składu mikrobiomu jelitowego, otrzewnej i macicy ze stopniem zaawansowania endometriozy według ASRM, ii) jakościowe porównanie mikrobiomu jelitowego i otrzewnej z mikrobiomem jamy macicy u kobiet z endometriozą vs. niepłodności idiopatycznej, iii) analiza korelacji składu mikrobiomu jelitowego, otrzewnej i macicy z natężeniem bólu i niepłodnością, iv) porównanie jakości życia w obu ramionach i ocena jej korelacji z lokalnym mikrobiomem. Jakość życia zostanie oceniona w obu ramionach za pomocą kwestionariusza SF-36, a następnie porównana. Kwestionariusz samoopisowy SF-36 obejmuje osiem domen zdrowia: funkcjonowanie fizyczne (10 pozycji), ból ciała (2 pozycje), ograniczenia roli z powodu problemów ze zdrowiem fizycznym (4 pozycje), ograniczenia roli z powodu problemów osobistych lub emocjonalnych (4 pozycje ), samopoczucie emocjonalne (5 pozycji), funkcjonowanie społeczne (2 pozycje), energię/zmęczenie (4 pozycje) i ogólne postrzeganie zdrowia (5 pozycji). Wyniki dla każdej domeny mieszczą się w zakresie od 0 do 100, przy czym wyższy wynik określa korzystniejszy stan zdrowia. Grupę badaną stanowić będą kobiety w wieku rozrodczym, leczone operacyjnie z powodu endometriozy miednicy mniejszej lub niepłodności idiopatycznej. Przed zabiegiem zostanie pobrana próbka kału do badania mikrobiomu jelitowego. Podczas planowej laparoskopii, oprócz planowanego zabiegu będącego celem hospitalizacji, zostanie wykonana biopsja aspiracyjna endometrium oraz pobranie płynu z jamy otrzewnej i/lub płynu z torbieli jajnika do analizy miejscowego mikrobiomu. Materiały biologiczne (stolec, płyn z torbieli otrzewnej/jajnika, aspirat endometrium) zostaną zabezpieczone, a następnie poddane analizie molekularnej metodą sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Etapy obejmą: i) izolację bakteryjnego DNA z materiałów biologicznych, ii) przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania, w tym wykonanie metod PCR i nested-PCR na bakteryjnych izolatach DNA z badanych próbek materiałów biologicznych, iii) oczyszczenie produkty amplifikacji, indeksowanie, walidacja stężeń amplikonów, łączenie i denaturacja bibliotek, iv) standaryzacja i optymalizacja procedury izolacji metagenomowego DNA bakterii z materiałów biologicznych z jelit, jamy otrzewnej, jamy macicy i tkanek endometrium, v) standaryzacja metody nested-PCR na bakteryjnych izolatach DNA z badanych materiałów biologicznych, vi) przekazanie próbek do sekwencjonowania. Dane z sekwencjonowania zostaną poddane analizie bioinformatycznej w celu uzyskania profili bakteryjnych (skład procentowy lokalnej populacji bakterii według typów i rodzajów). Celem jest scharakteryzowanie mikrobiomu jelit, otrzewnej i jamy macicy u kobiet poddawanych chirurgicznemu leczeniu endometriozy lub inwazyjnej diagnostyce niepłodności idiopatycznej oraz porównanie populacji bakterii w tych lokalizacjach, co może również dostarczyć informacji o pochodzeniu bakterii w jamie otrzewnej.