Project A3sc - Et atlas over luftveje på enkeltcelleniveau (AAAsc)

Den stigende forekomst af kroniske luftvejssygdomme er et folkesundhedsproblem, der påvirker hundredtusindvis af mennesker rundt om i verden, inklusive børn. Luftvejene, der er direkte udsat for atmosfæriske aeroforurenende stoffer (forurening, allergener), repræsenterer et komplekst økosystem, der involverer forskellige celler, der udvikler komplekse interaktioner med det omgivende bindevæv, men også med deres rige immunmiljø og med mikrobiotaen. Selvom der postuleres et patofysiologisk kontinuum mellem de nasale og bronchiale luftveje i visse sygdomme, såsom allergiske sygdomme, har vi identificeret brede gradienter i genekspression mellem nasale og bronkiale prøver. Dette er grunden til, at cellulær variabilitet i hele luftvejstræet skal studeres i detaljer.

Sekvenseringen af ​​RNA'er, der er specifikt til stede i en bestemt celle, og dens sammenligning med naboceller, giver os mulighed for at dokumentere præcise cellulære bidrag og intercellulære forhold. Vores projekt vil etablere protokoller til at stabilisere luftvejspodninger ved børstning og/eller biopsi under forhold, der derefter vil tillade analyse af genekspressionsprofiler på enkeltcelleniveau (enkeltcellet RNA-sekventering).

Udviklingen af ​​"enkeltcelle"-stabiliserings- og analyseprotokollen vil først blive udført på primære respiratoriske epitelkulturer og derefter udvidet til respiratoriske prøver taget fra raske frivillige. Gennem prøveudtagning på flere niveauer af respirationstræet vil variationer i ekspression langs tracheobronchial-aksen blive fuldt dokumenteret. Afslutningsvis vil interaktionen mellem epitelkompartmentet og det immunologiske kompartment blive undersøgt ved at analysere genekspression på en enkelt celle i forskellige fysiopatologiske sammenhænge.