Projekti A3sc - Ilmateiden atlas yhden solun tasolla (AAAsc)

Kroonisten hengitystiesairauksien lisääntyvä ilmaantuvuus on kansanterveysongelma, joka vaikuttaa satoihin tuhansiin ihmisiin ympäri maailmaa, myös lapsiin. Suoraan ilmakehän ilmansaasteille (saaste, allergeenit) altistuneet hengitystiet edustavat monimutkaista ekosysteemiä, johon kuuluu erilaisia ​​soluja, jotka kehittävät monimutkaisia ​​vuorovaikutuksia ympäröivän sidekudoksen, mutta myös rikkaan immuuniympäristönsä ja mikrobiston kanssa. Vaikka nenän ja keuhkoputkien välillä oletetaan olevan patofysiologista jatkumoa tietyissä sairauksissa, kuten allergisissa sairauksissa, olemme tunnistaneet laajoja gradientteja geenien ilmentymisessä nenä- ja keuhkoputkinäytteiden välillä. Tästä syystä solujen vaihtelua koko hengityspuussa on tutkittava yksityiskohtaisesti.

Tietyssä solussa spesifisesti läsnä olevien RNA:iden sekvensointi ja sen vertailu naapurisoluihin mahdollistavat tarkan solujen panoksen ja solujen välisten suhteiden dokumentoinnin. Projektimme laatii protokollat ​​hengitysteiden vanupuikkojen stabiloimiseksi harjaamalla ja/tai biopsialla olosuhteissa, jotka mahdollistavat geenien ilmentymisprofiilien analysoinnin yksittäissolutasolla (yksisoluisen RNA-sekvensointi).

"Yksisoluisen" stabilointi- ja analyysiprotokollan kehittäminen suoritetaan ensin primaarisilla hengityselinten epiteeliviljelmillä ja laajennetaan sitten terveiltä vapaaehtoisilta otettuihin hengitysnäytteisiin. Hengityspuun useilla tasoilla tapahtuvan näytteenoton avulla ilmentymisen vaihtelut trakeobronkiaalisella akselilla dokumentoidaan täysin. Lopuksi tutkitaan epiteelin ja immunologisen osan välistä vuorovaikutusta analysoimalla geeniekspressiota yksittäisessä solussa erilaisissa fysiopatologisissa yhteyksissä.