Проект A3sc - Атлас дыхательных путей на уровне одной ячейки (AAAsc)

Рост заболеваемости хроническими респираторными заболеваниями является проблемой общественного здравоохранения, затрагивающей сотни тысяч людей во всем мире, включая детей. Непосредственно подвергаясь воздействию атмосферных загрязнителей (загрязнения, аллергены), дыхательные пути представляют собой сложную экосистему, включающую различные клетки, которые развивают сложные взаимодействия с окружающей соединительной тканью, а также с богатой иммунной средой и микробиотой. Хотя постулируется патофизиологический континуум между носовыми и бронхиальными дыхательными путями при определенных заболеваниях, таких как аллергические заболевания, мы выявили широкие градиенты экспрессии генов между назальными и бронхиальными образцами. Вот почему необходимо детально изучить клеточную изменчивость всего дыхательного дерева.

Секвенирование РНК, специфически присутствующих в конкретной клетке, и ее сравнение с соседними клетками позволяет нам документировать точные клеточные вклады и межклеточные отношения. В рамках нашего проекта будут установлены протоколы для стабилизации мазков из дыхательных путей путем очистки щеткой и/или биопсии в условиях, которые затем позволят анализировать профили экспрессии генов на уровне отдельных клеток (секвенирование РНК отдельных клеток).

Разработка протокола стабилизации и анализа «одной клетки» сначала будет проводиться на культурах первичного респираторного эпителия, а затем распространена на образцы из дыхательных путей, взятые у здоровых добровольцев. Путем отбора проб на нескольких уровнях дыхательного дерева будут полностью задокументированы вариации экспрессии вдоль трахеобронхиальной оси. Наконец, взаимодействие между эпителиальным компартментом и иммунологическим компартментом будет изучаться путем анализа экспрессии генов на одной клетке в различных физиопатологических контекстах.