Projekt A3sc - Atlas dróg oddechowych na poziomie pojedynczej komórki (AAAsc)

Rosnąca częstość występowania przewlekłych chorób układu oddechowego jest problemem zdrowia publicznego dotykającym setki tysięcy ludzi na całym świecie, w tym dzieci. Bezpośrednio narażone na zanieczyszczenia atmosferyczne (zanieczyszczenia, alergeny), drogi oddechowe stanowią złożony ekosystem, który obejmuje różne komórki, które rozwijają złożone interakcje z otaczającą tkanką łączną, ale także z ich bogatym środowiskiem immunologicznym i mikrobiomem. Chociaż postuluje się patofizjologiczne kontinuum między nosowymi i oskrzelowymi drogami oddechowymi w niektórych chorobach, takich jak choroby alergiczne, zidentyfikowaliśmy szerokie gradienty ekspresji genów między próbkami z nosa i oskrzeli. Dlatego należy szczegółowo zbadać zmienność komórkową w całym drzewie oddechowym.

Sekwencjonowanie RNA specyficznie obecnych w konkretnej komórce i porównanie ich z sąsiednimi komórkami pozwala nam udokumentować dokładny wkład komórkowy i relacje międzykomórkowe. Nasz projekt ustali protokoły stabilizacji wymazów z dróg oddechowych poprzez szczotkowanie i/lub biopsję, w warunkach, które pozwolą następnie na analizę profili ekspresji genów na poziomie pojedynczej komórki (sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki).

Opracowanie protokołu stabilizacji i analizy „pojedynczej komórki” zostanie najpierw przeprowadzone na hodowlach pierwotnego nabłonka oddechowego, a następnie rozszerzone na próbki oddechowe pobrane od zdrowych ochotników. Poprzez pobieranie próbek na kilku poziomach drzewa oddechowego, zmiany ekspresji wzdłuż osi tchawiczo-oskrzelowej zostaną w pełni udokumentowane. Na koniec zbadana zostanie interakcja między przedziałem nabłonkowym a przedziałem immunologicznym poprzez analizę ekspresji genów na pojedynczej komórce w różnych kontekstach fizjopatologicznych.