Project A3sc - En atlas över luftvägar på en encellsnivå (AAAsc)

Den ökande förekomsten av kroniska luftvägssjukdomar är ett folkhälsoproblem som drabbar hundratusentals människor runt om i världen, inklusive barn. Direkt exponerade för luftföroreningar (föroreningar, allergener) representerar luftvägarna ett komplext ekosystem som involverar olika celler som utvecklar komplexa interaktioner med den omgivande bindväven men också med sin rika immunmiljö och med mikrobiotan. Även om ett patofysiologiskt kontinuum postuleras mellan de nasala och bronkiala luftvägarna vid vissa sjukdomar, såsom allergiska sjukdomar, har vi identifierat breda gradienter i genuttryck mellan nasala och bronkiala prover. Det är därför cellulär variabilitet i hela andningsträdet måste studeras i detalj.

Sekvenseringen av RNA specifikt närvarande i en viss cell, och dess jämförelse med närliggande celler, tillåter oss att dokumentera exakta cellulära bidrag och intercellulära relationer. Vårt projekt kommer att upprätta protokoll för att stabilisera luftvägspinnar genom borstning och/eller biopsi, under förhållanden som sedan tillåter analys av genuttrycksprofiler på encellsnivå (enkelcells RNA-sekvensering).

Utvecklingen av "encells"-stabiliserings- och analysprotokollet kommer först att utföras på primära respiratoriska epitelkulturer och sedan utvidgas till andningsprov tagna från friska frivilliga. Genom provtagning på flera nivåer av andningsträdet kommer variationer i uttryck längs trakeobronkialaxeln att dokumenteras fullt ut. Slutligen kommer interaktionen mellan epitelavdelningen och den immunologiska avdelningen att studeras genom att analysera genuttryck på en enskild cell i olika fysiopatologiska sammanhang.