Project A3sc - An Atlas of Airways at a Single Cell Level (AAAsc)

Den økende forekomsten av kroniske luftveissykdommer er et folkehelseproblem som påvirker hundretusenvis av mennesker over hele verden, inkludert barn. Luftveiene er direkte eksponert for atmosfæriske aeroforurensninger (forurensning, allergener) og representerer et komplekst økosystem som involverer ulike celler som utvikler komplekse interaksjoner med det omkringliggende bindevevet, men også med deres rike immunmiljø og med mikrobiotaen. Selv om det er postulert et patofysiologisk kontinuum mellom nese- og bronkialluftveiene ved visse sykdommer, for eksempel allergiske sykdommer, har vi identifisert brede gradienter i genuttrykk mellom nese- og bronkialprøver. Dette er grunnen til at cellulær variasjon gjennom luftveistreet må studeres i detalj.

Sekvenseringen av RNA som er spesifikt tilstede i en bestemt celle, og dens sammenligning med naboceller, lar oss dokumentere presise cellulære bidrag og intercellulære forhold. Prosjektet vårt vil etablere protokoller for å stabilisere luftveispinner ved børsting og/eller biopsi, under forhold som da vil tillate analyse av genekspresjonsprofiler på enkeltcellenivå (enkelcellet RNA-sekvensering).

Utviklingen av "enkeltcelle"-stabiliserings- og analyseprotokollen vil først bli utført på primære respiratoriske epitelkulturer og deretter utvidet til respirasjonsprøver tatt fra friske frivillige. Gjennom prøvetaking på flere nivåer av respirasjonstreet vil variasjoner i uttrykk langs trakeobronkialaksen bli fullt dokumentert. Til slutt vil interaksjonen mellom epitelrommet og det immunologiske rommet studeres ved å analysere genuttrykk på en enkelt celle i ulike fysiopatologiske sammenhenger.