Projet A3sc - Un atlas des voies respiratoires au niveau d'une seule cellule (AAAsc)

L'incidence croissante des maladies respiratoires chroniques est un problème de santé publique qui touche des centaines de milliers de personnes dans le monde, y compris des enfants. Directement exposées aux aérocontaminants atmosphériques (pollution, allergènes), les voies respiratoires représentent un écosystème complexe impliquant différentes cellules qui développent des interactions complexes avec le tissu conjonctif environnant mais aussi avec leur riche environnement immunitaire et avec le microbiote. Bien qu'un continuum physiopathologique soit postulé entre les voies respiratoires nasales et bronchiques dans certaines maladies, telles que les maladies allergiques, nous avons identifié de larges gradients d'expression génique entre les échantillons nasaux et bronchiques. C'est pourquoi la variabilité cellulaire tout au long de l'arbre respiratoire doit être étudiée en détail.

Le séquençage des ARN spécifiquement présents dans une cellule particulière, et sa comparaison avec les cellules voisines, permet de documenter précisément les contributions cellulaires et les relations intercellulaires. Notre projet établira des protocoles pour stabiliser les écouvillons des voies respiratoires par brossage et/ou biopsie, dans des conditions qui permettront ensuite l'analyse des profils d'expression génique au niveau unicellulaire (séquençage d'ARN unicellulaire).

Le développement du protocole de stabilisation et d'analyse "single cell" sera d'abord réalisé sur des cultures d'épithélium respiratoire primaire puis étendu à des prélèvements respiratoires prélevés sur des volontaires sains. Grâce à des prélèvements à plusieurs niveaux de l'arbre respiratoire, les variations d'expression le long de l'axe trachéobronchique seront parfaitement documentées. Enfin, l'interaction entre le compartiment épithélial et le compartiment immunologique sera étudiée en analysant l'expression des gènes sur une même cellule dans différents contextes physiopathologiques.