Anvendelse af klinisk metagenomik i diagnosticering af ascites

Infektion af ascitesvæsken er en alvorlig komplikation forbundet med høj morbiditet og dødelighed. Denne væske er ofte koloniseret med bakterier, der kan forårsage infektion i bughinden og muligvis sepsis. Mange bakterier i det menneskelige tarmmikrobiom kan ikke dyrkes ved standardmetoder; derfor forekommer det sandsynligt, at mange af de relevante bakterier ikke opdages i rutinediagnostik, men kan være relevante for patogenesen. Kulturuafhængige tilgange som NGS (Next generation Sequencing) har i princippet gjort det muligt at studere eller bevise kompleks mikrobiel kolonisering. Fordi NGS er en relativt ny teknologi, skal mikrobiologiske diagnostiske protokoller tilpasses yderligere og forfines, så de kan integreres med standarddiagnoseworkflowet, hvis det er nødvendigt. Til mikrobiologisk diagnostik indsamles materiale fra de relevante ascitespatienter og sendes til mikrobiologisk diagnostik. Derefter udføres kulturdiagnostikken som en del af patientbehandlingen på universitetshospitalet. I denne undersøgelse planlægger efterforskerne at bruge disse prøver til at analysere og sammenligne tilstedeværelsen af ​​bakterier af NGS parallelt med kulturdiagnostikken og derefter sammenligne det med patienternes tarmmikrobiom for at forstå mikrobiomets mulige effekt på ascites patogenese og resultat.