Anwendung der klinischen Metagenomik bei der Diagnose von Aszites

Eine Infektion der Aszitesflüssigkeit ist eine schwerwiegende Komplikation, die mit hoher Morbidität und Mortalität verbunden ist. Diese Flüssigkeit ist häufig mit Bakterien besiedelt, die eine Infektion des Bauchfells und möglicherweise eine Sepsis verursachen können. Viele Bakterien des menschlichen Darmmikrobioms können mit Standardmethoden nicht kultiviert werden; Daher ist es wahrscheinlich, dass viele der relevanten Bakterien in der Routinediagnostik nicht entdeckt werden, aber möglicherweise für die Pathogenese relevant sind. Kulturunabhängige Ansätze wie NGS (Next Generation Sequencing) haben es grundsätzlich ermöglicht, komplexe mikrobielle Besiedlung zu untersuchen bzw. nachzuweisen. Da es sich bei NGS um eine relativ neue Technologie handelt, müssen mikrobiologische Diagnoseprotokolle bei Bedarf weiter angepasst und verfeinert werden, um sie in den Standard-Diagnose-Workflow zu integrieren. Für die mikrobiologische Diagnostik wird Material von den entsprechenden Aszitespatienten gesammelt und zur mikrobiologischen Diagnostik geschickt. Anschließend wird die Kulturdiagnostik im Rahmen der Patientenversorgung am Universitätsklinikum durchgeführt. In dieser Studie planen die Forscher, diese Proben zu verwenden, um das Vorhandensein von Bakterien durch NGS parallel zur Kulturdiagnostik zu analysieren und zu vergleichen und sie dann mit dem Darmmikrobiom des Patienten zu vergleichen, um die mögliche Wirkung des Mikrobioms auf die Pathogenese des Aszites zu verstehen Ergebnis.