Tillämpning av klinisk metagenomik vid diagnos av ascites

Infektion av ascitesvätskan är en allvarlig komplikation förknippad med hög sjuklighet och mortalitet. Denna vätska är ofta koloniserad med bakterier som kan orsaka infektion i bukhinnan och eventuellt sepsis. Många bakterier i den mänskliga tarmmikrobiomet kan inte odlas med standardmetoder; därför verkar det troligt att många av de relevanta bakterierna inte upptäcks i rutindiagnostik, utan kan vara relevanta för patogenes. Kulturoberoende tillvägagångssätt som NGS (Next generation Sequencing) har i princip gjort det möjligt att studera eller bevisa komplex mikrobiell kolonisering. Eftersom NGS är en relativt ny teknik, måste mikrobiologiska diagnostiska protokoll anpassas ytterligare och förfinas för att integreras med standarddiagnostikarbetsflödet, om det behövs. För mikrobiologisk diagnostik samlas material in från lämpliga ascitespatienter och skickas för mikrobiologisk diagnostik. Därefter genomförs kulturdiagnostiken som en del av patientvården på universitetssjukhuset. I denna studie planerar utredarna att använda dessa prover för att analysera och jämföra närvaron av bakterier av NGS parallellt med odlingsdiagnostiken, och sedan jämföra den med patientens tarmmikrobiom, för att förstå mikrobiomets möjliga effekt på ascitespatogenes och resultat.