Zastosowanie metagenomiki klinicznej w diagnostyce wodobrzusza

Zakażenie płynu puchlinowego jest poważnym powikłaniem związanym z dużą chorobowością i śmiertelnością. Płyn ten jest często skolonizowany przez bakterie, które mogą powodować infekcję otrzewnej i prawdopodobnie posocznicę. Wielu bakterii ludzkiego mikrobiomu jelitowego nie można wyhodować standardowymi metodami; dlatego wydaje się prawdopodobne, że wiele istotnych bakterii nie jest wykrywanych w rutynowej diagnostyce, ale mogą mieć znaczenie dla patogenezy. Podejścia niezależne od kultury, takie jak NGS (sekwencjonowanie nowej generacji), w zasadzie umożliwiły badanie lub udowodnienie złożonej kolonizacji drobnoustrojów. Ponieważ NGS jest stosunkowo nową technologią, protokoły diagnostyki mikrobiologicznej muszą być dalej dostosowywane i udoskonalane, aby w razie potrzeby zintegrować je ze standardowym przepływem pracy diagnostycznej. Do diagnostyki mikrobiologicznej pobierany jest materiał od odpowiednich pacjentów z wodobrzuszem i przesyłany do diagnostyki mikrobiologicznej. Następnie przeprowadzana jest diagnostyka kulturowa w ramach opieki nad pacjentem w szpitalu uniwersyteckim. W tym badaniu badacze planują wykorzystać te próbki do analizy i porównania obecności bakterii przez NGS równolegle z diagnostyką hodowli, a następnie porównać to z mikrobiomem jelitowym pacjentów, aby zrozumieć możliwy wpływ mikrobiomu na patogenezę wodobrzusza i wynik.