A klinikai metagenomika alkalmazása az ascites diagnosztizálásában

Az asciticus folyadék fertőzése súlyos szövődmény, amely magas morbiditással és mortalitással jár. Ezt a folyadékot gyakran baktériumok kolonizálják, amelyek a peritoneum fertőzését és esetleg szepszist okozhatnak. Az emberi bélmikrobióma számos baktériuma nem tenyészthető szabványos módszerekkel; ezért valószínűnek tűnik, hogy a releváns baktériumok közül sokat nem fedeznek fel a rutin diagnosztikában, de a patogenezis szempontjából relevánsak lehetnek. A tenyészettől független megközelítések, mint például az NGS (Next Generation Sequencing) elvileg lehetővé tették az összetett mikrobiális kolonizáció tanulmányozását vagy bizonyítását. Mivel az NGS egy viszonylag új technológia, a mikrobiológiai diagnosztikai protokollokat tovább kell testreszabni és finomítani kell, hogy szükség esetén integrálódjanak a szabványos diagnosztikai munkafolyamatba. A mikrobiológiai diagnosztikához a megfelelő ascites betegektől anyagot gyűjtenek és mikrobiológiai diagnosztikára küldenek. Ezt követően az egyetemi kórházban a betegellátás részeként történik a kultúrdiagnosztika. Ebben a tanulmányban a kutatók ezeket a mintákat a tenyésztési diagnosztikával párhuzamosan a baktériumok NGS általi jelenlétének elemzésére és összehasonlítására tervezik, majd összehasonlítják a betegek bélmikrobiómával, hogy megértsék a mikrobiom lehetséges hatását az ascites patogenezisére és eredmény.