Kliinisen metagenomiikan soveltaminen askiteksen diagnosoinnissa

Askitesnesteen infektio on vakava komplikaatio, johon liittyy korkea sairastuvuus ja kuolleisuus. Tämä neste on usein kolonisoitunut bakteereilla, jotka voivat aiheuttaa vatsakalvon tulehduksen ja mahdollisesti sepsiksen. Monia ihmisen suoliston mikrobiomin bakteereja ei voida viljellä standardimenetelmin; siksi näyttää todennäköiseltä, että monia relevantteja bakteereja ei löydetä rutiininomaisessa diagnostiikassa, mutta ne voivat olla merkityksellisiä patogeneesin kannalta. Kulttuurista riippumattomat lähestymistavat, kuten NGS (Next Generation Sequencing), ovat periaatteessa mahdollistaneet monimutkaisen mikrobikolonisaation tutkimisen tai todistamisen. Koska NGS on suhteellisen uusi tekniikka, mikrobiologisia diagnostisia protokollia on mukautettava ja jalostettava edelleen, jotta ne voidaan integroida standardidiagnostiikan työnkulkuun tarvittaessa. Mikrobiologista diagnostiikkaa varten materiaali kerätään sopivilta askitespotilailta ja lähetetään mikrobiologiseen diagnostiikkaan. Sen jälkeen kulttuuridiagnostiikkaa tehdään osana potilashoitoa yliopistollisessa sairaalassa. Tässä tutkimuksessa tutkijat aikovat käyttää näitä näytteitä analysoimaan ja vertaamaan bakteerien esiintymistä NGS:llä rinnakkain viljelydiagnostiikan kanssa ja sitten vertaamaan sitä potilaan suoliston mikrobiomiin ymmärtääkseen mikrobiomin mahdollisen vaikutuksen askites-patogeneesiin ja tulokset.