Applicazione della metagenomica clinica nella diagnosi di ascite

L'infezione del liquido ascitico è una grave complicanza associata ad elevata morbilità e mortalità. Questo fluido è spesso colonizzato da batteri che possono causare infezione del peritoneo e possibilmente sepsi. Molti batteri del microbioma intestinale umano non possono essere coltivati ​​con metodi standard; pertanto sembra probabile che molti dei batteri rilevanti non vengano scoperti nella diagnostica di routine, ma possano essere rilevanti per la patogenesi. Approcci indipendenti dalla coltura come NGS (Next generation Sequencing) hanno in linea di principio reso possibile studiare o dimostrare la complessa colonizzazione microbica. Poiché NGS è una tecnologia relativamente nuova, i protocolli diagnostici microbiologici devono essere ulteriormente personalizzati e perfezionati per integrarsi con il flusso di lavoro diagnostico standard, se necessario. Per la diagnostica microbiologica, il materiale viene raccolto dai pazienti con ascite appropriati e inviato per la diagnostica microbiologica. Successivamente la diagnostica culturale viene effettuata nell'ambito della cura del paziente presso l'ospedale universitario. In questo studio i ricercatori intendono utilizzare questi campioni per analizzare e confrontare la presenza di batteri mediante NGS in parallelo alla diagnostica della coltura, e quindi confrontarla con il microbioma intestinale dei pazienti, per comprendere il possibile effetto del microbioma sulla patogenesi dell'ascite e risultato.