Forudsigelse af resultater og personlig strålebehandling af biomarkører og funktionel billeddannelse

Dette er et monocentrisk, eksplorativt eksperimentelt studie på væv (perifert blod), hvorfor der er planlagt indskrivning af et begrænset antal patienter. Resultaterne opnået fra undersøgelsen bør ikke betragtes som afgørende, men snarere som generatorer af forskningshypoteser for potentielle efterfølgende undersøgelser, der skal udføres på større populationer. De kvalitative og kvantitative karakteristika af vesiklerne og deres miRNA-indhold vil blive analyseret beskrivende.

Det primære mål vil blive betragtet som opnået, hvis værdier af CD69+ vesikler > 349 absolutte enheder korrekt forudsiger responsen på strålebehandling hos mindst 80 % af patienterne. Efterfølgende sigter efterforskerne på at verificere, om CD86+ vesikler > 10 absolutte enheder og CD3+ > 4 absolutte enheder korrekt forudsiger responsen på strålebehandling i mindst 80 % af tilfældene. Derudover vil sammenhængen mellem værdierne af de tre angivne vesikler (både originale og dikotomiserede som over eller under de specificerede cut-offs, afledt af foreløbige resultater fra vores forskningsgruppe) og tiden til sygdomsgentagelse efter to år blive testet.

Patienter vil blive behandlet i overensstemmelse med klinisk praksis i overensstemmelse med lægens vurdering og oplysningerne i det tekniske datablad for hvert enkelt produkt af eventuelle samtidige behandlinger, der administreres i henhold til klinisk praksis. Patienternes diagnostisk-terapeutiske vej vil ikke på nogen måde blive påvirket af resultaterne af vævstests udført til undersøgelsen.

TC-PET-undersøgelserne, som en del af den normale diagnostisk-terapeutiske proces, vil blive udført på Nuclear Medicine Unit på IRCCS Universitetshospital i Bologna. Molekylær undersøgelser vil blive udført på laboratoriet af Immunogenetics and Transplant Biology Unit (IBT), der er tilknyttet IRCCS Universitetshospitalet i Bologna, S. Orsola Polyclinic. Studiet er rettet mod patienter, der gennemgår neoadjuverende RT for lokalt fremskredne rektale tumorer inden for et år. Undersøgelsen forventes påbegyndt den 01/05/2023 og under alle omstændigheder først efter godkendelse fra den etiske komité og den efterfølgende frigivelse af virksomhedens autorisation.

Patienter vil blive tilmeldt under det første besøg på stråleterapienheden på IRCCS Universitetshospital i Bologna, forud for enhver prøveudtagning, der er nødvendig for de specifikke undersøgelsesanalyser. Det skal bemærkes, at undersøgelser af den totale kvantificering af DNA og epigenetiske ændringer (methylering og miRNA-ekspression) ikke involverer genomsekventering. DNA-molekylerne vil blive undersøgt uden hensyntagen til individuel specificitet; derfor forbliver individets genetiske kode ukendt efter undersøgelsen. En prøve på 10 ml venøst ​​blod vil blive opsamlet ved hjælp af en vacutainer med EDTA fra hver patient, og plasma vil blive opsamlet for hvert forsøgspunkt. Biologiske prøver vil blive pseudonymiseret og mærket med det progressive nummer RT/NEO/00N. Alle prøver vil blive opbevaret i specielt mærkede RT-beholdere i en aflåst fryser placeret i IBT-laboratoriet, indtil de skal bruges. Transporten vil blive udført ved hjælp af en forseglet og temperaturstyret dedikeret beholder af det personale, der er involveret i projektet.

Tre prøver vil blive analyseret pr. patient: 1. prøve: 1-5 dage før start af RT, 2. prøve: ved slutningen af ​​3. uge af RT, 3. prøve: på den sidste dag af RT. Derfor forventes i alt 90 prøver at blive analyseret.

Isolering af nanovesikler: plasmaprøver vil blive behandlet til adskillelse af ekstracellulære vesikler gennem kolonnegelultrafiltrering med steriliseret og bufret CL-B4-harpiks. Nanovesiklerne vil derefter blive behandlet til fænotypisk analyse ved hjælp af Miltenyi MACSPEX-kittet og behandlet til DNA/RNA-ekstraktion ved hjælp af Nucleo Spin Tissue-kittet (Macherey Nagel, M-Medical, Milano, Italien). Proceduren vil blive udført på IBT-laboratoriet på IRCCS Universitetshospital i Bologna.

Epigenetisk analyse:

• MikroRNA-analyse RNA-prøverne ekstraheret fra de ekstracellulære vesikler vil blive analyseret for mikroRNA-indhold ved hjælp af Droplet Digital PCR på IBT-laboratoriet.
• Methyleringsanalyse DNA-methyleringsprofilanalysen af ​​nukleerede blodceller vil blive udført ved hjælp af massespektrometri udført på Sequenom-platformen og EpiTyper-protokollen (Sequenom) på IBT-laboratoriet på IRCCS Universitetshospitalet i Bologna. Alle statistiske analyser vil blive udført på IBT-enheden.

Besøg, vurderinger og systemiske og lokale behandlinger vil blive udført i henhold til klinisk praksis og vil ikke blive ændret for denne undersøgelse. De alikvoter af perifert blod, der kræves til de specifikke undersøgelsesanalyser, vil blive indsamlet ud over rutineprøver, der tages under patientbehandlinger og -opfølgninger, med samme venøse adgang. Specifikt vil prøverne blive taget ved starten af ​​strålebehandlingen, tre uger efter starten og ved afslutningen inden for rammerne af undersøgelser og besøg planlagt af normal klinisk praksis.

Under det første besøg vil der ifølge klinisk praksis blive indsamlet information relateret til patientens kliniske historie (onkologisk historie, fjerntliggende patologisk historie, farmakologisk historie, familiehistorie). En generel fysisk undersøgelse vil blive udført, og strålebehandlingsforløbet vil blive planlagt. Patientens berettigelse til PROPER-undersøgelsen vil blive vurderet, og hvis bekræftende, vil informerede samtykker blive indhentet.

Analysemetode:

Patienternes demografiske og kliniske karakteristika vil blive beskrevet ved hjælp af median- og interkvartilområde (for kontinuerlige variable) og absolutte frekvenser og procenter (for kategoriske variable).

Evalueringen af ​​vesiklernes forudsigelsesevne vil blive udført gennem sensitivitets- og specificitetsanalyse af de foruddefinerede cutoffs (CD69+ > 349 absolutte enheder; CD86+ > 10 absolutte enheder; CD3+ > 4 absolutte enheder) for at verificere, at alle har en positiv prædiktiv værdi ( PPV) > 80 %. ROC-analyse ved hjælp af de originale værdier af vesiklerne vil også blive udført for at identificere eventuelle alternative afskæringsværdier, der bedre kan skelne med hensyn til resultatet.

Analysen af ​​sygdomsfri overlevelse to år fra starten af ​​behandlingen vil blive udført beskrivende ved hjælp af Kaplan-Meier-kurver og log-rank-testen. Patienter, der døde på grund af fatale komplikationer, vil blive censureret på dødsdatoen. I betragtning af den lille størrelse af undersøgelsespopulationen kan der udføres Cox-regression, herunder indikatoren for, om den vesikulære cutoff blev overskredet som en risikofaktor, sammen med maksimalt én confounder, forudsat at antallet af hændelser (sygdomsgentagelser) er tilstrækkeligt til analysen.