Prédiction des résultats et radiothérapie PERSONNALISÉE par biomarqueurs et imagerie fonctionnelle

Il s'agit d'une étude expérimentale exploratoire monocentrique sur les tissus (sang périphérique), c'est pourquoi le recrutement d'un nombre limité de patients a été prévu. Les résultats obtenus à partir de l’étude ne doivent pas être considérés comme concluants mais plutôt comme générateurs d’hypothèses de recherche pour d’éventuelles études ultérieures à mener sur des populations plus larges. Les caractéristiques qualitatives et quantitatives des vésicules et leur contenu en miARN seront analysées de manière descriptive.

L'objectif principal sera considéré comme atteint si les valeurs de vésicules CD69+ > 349 unités absolues prédisent correctement la réponse à la radiothérapie chez au moins 80 % des patients. Par la suite, les enquêteurs visent à vérifier si les vésicules CD86+ > 10 unités absolues et CD3+ > 4 unités absolues prédisent correctement la réponse à la radiothérapie dans au moins 80 % des cas. De plus, l'association entre les valeurs des trois vésicules indiquées (à la fois originales et dichotomisées comme au-dessus ou en dessous des seuils spécifiés, dérivés des résultats préliminaires de notre groupe de recherche) et le délai de récidive de la maladie à deux ans sera testé.

Les patients seront traités conformément à la pratique clinique, conformément au jugement du médecin et aux informations fournies dans la fiche technique de chaque produit individuel de tout traitement concomitant administré selon la pratique clinique. Le parcours diagnostique et thérapeutique des patients ne sera en aucun cas influencé par les résultats des tests tissulaires réalisés pour l'étude.

Les investigations TC-PET, dans le cadre du processus diagnostique et thérapeutique normal, seront réalisées à l'unité de médecine nucléaire de l'hôpital universitaire IRCCS de Bologne. Les investigations moléculaires seront réalisées au laboratoire de l'unité d'immunogénétique et de biologie des transplantations (IBT) affiliée à l'hôpital universitaire IRCCS de Bologne, polyclinique S. Orsola. L'étude s'adresse aux patients subissant une RT néoadjuvante pour des tumeurs rectales localement avancées dans un délai d'un an. L'étude devrait débuter le 01/05/2023, et en tout état de cause, seulement après l'approbation du comité d'éthique et la délivrance ultérieure de l'autorisation de l'entreprise.

Les patients seront inscrits lors de la première visite à l'unité de radiothérapie de l'hôpital universitaire IRCCS de Bologne, avant tout prélèvement nécessaire aux analyses spécifiques de l'étude. Il convient de noter que les recherches sur la quantification totale de l’ADN et les modifications épigénétiques (méthylation et expression des miARN) n’impliquent pas de séquençage du génome. Les molécules d'ADN seront examinées sans tenir compte de la spécificité individuelle ; par conséquent, le code génétique de l'individu reste inconnu après l'examen. Un échantillon de 10 ml de sang veineux sera prélevé à l'aide d'un vacutainer avec EDTA sur chaque patient, et du plasma sera collecté pour chaque point expérimental. Les échantillons biologiques seront pseudonymisés et étiquetés avec le numéro progressif RT/NEO/00N. Tous les échantillons seront conservés dans des conteneurs RT spécialement marqués dans un congélateur verrouillé situé dans le laboratoire IBT jusqu'à leur utilisation. Le transport sera effectué à l'aide d'un conteneur dédié fermé et thermorégulé par le personnel impliqué dans le projet.

Trois échantillons seront analysés par patient : 1er échantillon : 1 à 5 jours avant le début de la RT, 2ème échantillon : à la fin de la 3ème semaine de RT, 3ème échantillon : le dernier jour de RT. Ainsi, un total de 90 échantillons devraient être analysés.

Isolement des nanovésicules : des échantillons de plasma seront traités pour la séparation des vésicules extracellulaires par ultrafiltration sur gel sur colonne avec de la résine CL-B4 stérilisée et tamponnée. Les nanovésicules seront ensuite traitées pour une analyse phénotypique à l'aide du kit Miltenyi MACSPEX et traitées pour une extraction ADN/ARN à l'aide du kit Nucleo Spin Tissue (Macherey Nagel, M-Medical, Milan, Italie). La procédure sera réalisée au laboratoire IBT de l'hôpital universitaire IRCCS de Bologne.

Analyse épigénétique :

• Analyse des microARN Les échantillons d'ARN extraits des vésicules extracellulaires seront analysés pour la teneur en microARN à l'aide de Droplet Digital PCR au laboratoire IBT.
• Analyse de méthylation L'analyse du profil de méthylation de l'ADN des cellules sanguines nucléées sera réalisée à l'aide de la spectrométrie de masse réalisée sur la plateforme Sequenom et le protocole EpiTyper (Sequenom) au laboratoire IBT de l'hôpital universitaire IRCCS de Bologne. Toutes les analyses statistiques seront effectuées à l'unité IBT.

Les visites, évaluations et traitements systémiques et locaux seront effectués selon la pratique clinique et ne seront pas modifiés pour cette étude. Les aliquotes de sang périphérique nécessaires aux analyses spécifiques de l'étude seront collectées en plus des échantillons de routine prélevés lors des traitements et des suivis des patients, en utilisant le même accès veineux. Concrètement, les prélèvements seront réalisés au début de la radiothérapie, trois semaines après le début, et à la fin, dans le cadre des examens et visites programmés par la pratique clinique normale.

Lors de la première visite, selon la pratique clinique, les informations liées à l'histoire clinique du patient (antécédents oncologiques, antécédents pathologiques à distance, antécédents pharmacologiques, antécédents familiaux) seront collectés. Un examen physique général sera réalisé et le parcours de radiothérapie sera planifié. L'éligibilité du patient à l'étude PROPER sera évaluée et, si elle est positive, des consentements éclairés seront obtenus.

Méthodologie d'analyse :

Les caractéristiques démographiques et cliniques des patients seront décrites en utilisant l'intervalle médian et interquartile (pour les variables continues) et les fréquences et pourcentages absolus (pour les variables catégorielles).

L'évaluation de la capacité prédictive des vésicules sera réalisée par analyse de sensibilité et de spécificité des seuils prédéfinis (CD69+ > 349 unités absolues ; CD86+ > 10 unités absolues ; CD3+ > 4 unités absolues) pour vérifier que tous ont une valeur prédictive positive ( VPP) > 80 %. Une analyse ROC utilisant les valeurs originales des vésicules sera également effectuée pour identifier toute valeur seuil alternative susceptible de mieux discriminer le résultat.

L'analyse de la survie sans maladie à deux ans après le début du traitement sera menée de manière descriptive à l'aide des courbes de Kaplan-Meier et du test du log-rank. Les patients décédés des suites de complications mortelles seront censurés à la date du décès. Compte tenu de la petite taille de la population étudiée, des régressions de Cox peuvent être effectuées, incluant l'indicateur du dépassement du seuil vésiculaire comme facteur de risque, ainsi qu'un maximum d'un facteur de confusion, à condition que le nombre d'événements (récidives de la maladie) soit adéquat. pour l'analyse.