Wirksamkeit eines Multiplex BangasureTM RT-PCR-Kits zum Nachweis von COVID-19 (COVID-19)

Einführung:

Die Corona-Virus-COVID-19-Pandemie ist die bestimmende globale Gesundheitskrise unserer Zeit und die größte Herausforderung seit dem Zweiten Weltkrieg. Die Pandemie ist viel mehr als eine Gesundheitskrise; es ist auch eine beispiellose sozioökonomische Krise. Seit seiner Identifizierung in der Region Wuhan, China, hat sich das Virus nicht nur in 213 Ländern/Territorien mit 209 Millionen Fällen und 4,39 Millionen weltweit verbreitet, sondern könnte nach Schätzungen der Internationalen Arbeitsorganisation auch 400 Millionen Menschen arbeitslos machen.

Um die Ausbreitung von Krankheiten einzudämmen, wurden in verschiedenen Regionen der Welt multidisziplinäre Strategien eingeführt, darunter die Umsetzung sozialer Distanzierung, die Aufrechterhaltung der persönlichen Hygiene, die Kontaktverfolgung und die Umsetzung von Quarantäne, Reisebeschränkungen und Ausgangssperren. Eine weithin akzeptierte Methode ist das Testen auf SARS-CoV-2, wobei typischerweise Nasen-Rachen-Abstrichproben verwendet werden. Positiv getestete Patienten erfordern ein angemessenes klinisches Management, entweder durch wirksame Isolierung oder Quarantäne zu Hause bei leichten Symptomen oder innerhalb von Gesundheitseinrichtungen bei mittelschweren bis schweren Symptomen. Darüber hinaus liefern groß angelegte Tests aussagekräftigere epidemiologische Daten für die Ausarbeitung von Richtlinien zur Überwachung und Bekämpfung von Krankheiten. Viele Ansätze wurden vorgeschlagen, um das SARS-CoV-2-Virus in Nasen-Rachen-Flüssigkeiten nachzuweisen, wie z , schleifenvermittelte isotherme Amplifikation (LAMP) usw. Unter diesen Methoden sind auf Nukleinsäureamplifikation basierende Tests die gängigsten für die Diagnose von SARS-CoV-2.

Darüber hinaus schlägt die US CDC ein Protokoll zum Nachweis von SARS-CoV-2 vor, das auf der Amplifikation von zwei Regionen des Nukleokapsid-Gens, nämlich N1 und N2, und einem menschlichen internen Kontrollgen RNase P (RP) basiert. Zusätzlich zu diesen Strategien sind die Bemühungen zur Entwicklung von SARS-CoV-2-Nachweismethoden mit hoher Effizienz und Genauigkeit, mit weniger Reaktionszeit und Aufwand, noch im Gange.

Obwohl Tests als Goldstandard für den SARS-CoV-2-Nachweis angesehen werden, hinken sie in vielen Ländern aufgrund verschiedener Faktoren hinterher, von denen die wichtigsten Probleme in der Lieferkette mit einem Mangel an Reagenzien und geeigneten Testkits sind. Daher bleiben viele Patienten (sowohl symptomatisch als auch asymptomatisch) ungetestet und tragen daher möglicherweise zur Verbreitung des Virus in der Gemeinschaft bei.

Wenn Bangladesch seine eigenen RT-PCR-Kits herstellen kann, die in Bezug auf Empfindlichkeit, Spezifität usw. von nicht geringerer Qualität sind, würde dies den Mangel an RT-PCR-Kits mildern, da die Ermittler vollständig von importierten Testkits abhängig sind und auch Devisen sparen. Darüber hinaus sind RT-PCR-Testkits sehr temperaturempfindlich und müssen die Kühlkette für ihre Qualität aufrechterhalten, was durch die Entwicklung lokaler RT-PCR-Kits gemildert werden kann. Darüber hinaus wurden viele Varianten von SARS-CoV-2 aufgrund von Mutationen entwickelt, die eine höhere Virulenz und eine hohe Übertragungsrate gezeigt haben. Daher kann die Entwicklung eines neuen RT-PCR-Kits, das neuere Stämme erkennen kann, äußerst hilfreich sein.

Das Ziel der Ermittler ist es also, das robuste RT-PCR-Kit mit drei nachweisbaren Genen zu entwickeln, das das erste Land sein wird und zuverlässige Ergebnisse für verschiedene Arten von Varianten des SARS-CoV-2-Virus liefert, um seine Übertragbarkeit zu verringern und einen vorbeugenden Managementplan zu erstellen 2. Ziele von die Studium:

1. Allgemeine Ziele: Primäre Ziele sind die Entwicklung einer Multiplex-Echtzeit-Reverse-Transkription-Polymerase-Kettenreaktion (rRT-PCR) zum Nachweis von SARS-CoV-2.

2. Sekundäre Ziele: Für die beste RT-PCR-Leistung sollte die Kombination von E- und N-Genzielen optimiert werden.

   3. Methodik: 3.1. Art und Zweck der Studie: Dies ist eine Fallkontroll- und Beobachtungsstudie, in der zwei bestehende Gruppen von gefrorenen und frischen Proben identifiziert und verglichen werden.

   3.2. Studienort:

   • Institut für Epidemiologie, Seuchenkontrolle und -forschung (IEDCR)
   • MS. Klinische Forschungsorganisation GmbH 3.3. Probenahmestelle(n):
   • Institute Epidemiology Disease Control and Research (IEDCR) oder
   • National Institute of Laboratory Medicine & Referral Center (NILMRC), Dhaka, Bangladesch.

   3.4. Studiendauer: • 3 Monate (November 2021 bis Januar 2022) nach Erhalt der ethischen Freigabe vom Bangladesh Medical Research Council.

   3.5. Studienpopulation/Probenauswahl 3.5.1 CRO erhält Testproben von IEDCR. IEDCR und BCTL/CROL als CRO haben eine Absichtserklärung (MoU) für verschiedene gemeinsame Forschungsarbeiten. Daher erhält NILMRC/BCTL/CROL insgesamt 120 Proben von IEDCR für die Bewertung der RT-PCR-Kit-Effizienz. Von den 120 Proben werden 60 Proben (30 COVID-19-bekannte positive und 30 COVID-19-negative Proben) gelagert, die bei -80 °C in Laborgefrierschränken in IEDCR-Einrichtungen aufbewahrt wurden, und weitere 60 frische Proben (30 COVID-19-positiv und 30 COVID-19-negative Proben), die am IEDCR getestet werden. Proben mit abweichenden Ergebnissen werden vor dem Testen mit dem BRiCM RT PCR-Kit zurückgewiesen. Das heißt, dass möglicherweise mehr als 120 identifizierte Proben von IEDCR benötigt werden, um sie mit importierten RT-PCR-Kits und Extraktionskits bei BCTL/CROL zu analysieren. So werden 120 Proben für die Leistungsbewertung des BRiCM RT-PCR-Kits ausgewählt.

   3.5.2 Um Voreingenommenheit und Interessenkonflikte zu vermeiden, werden Sponsor und PI/Ko-Untersucher gegenüber der Proben-ID und dem positiven/negativen Status der Proben und klinischen Aufzeichnungen der Patienten verblindet. Der positive/negative Status sowohl gelagerter als auch frischer Proben wird bei IEDCR identifiziert, bevor sie an BCTL/CROL gesendet werden. Das heißt, das BCTL/CROL-Personal wird vor der Analyse auch hinsichtlich des Musteridentitätsdokuments (ID) und des Positiv-Negativ-/Negativstatus geblendet. Schließlich sendet der CRO-Leiter das Leistungsbewertungszertifikat an den PI oder Sponsor.

   3.5.3. Statistische Basis des Stichprobenumfangs:

   Formeln:

   Die Studie wird an 120 Teilnehmern durchgeführt (60 gespeicherte bekannte positive und negative und 60 frische bekannte positive und negative). Um die gewünschte absolute Genauigkeit (n) bei der Schätzung der Effizienz der RT-PCR zu erreichen, wird die minimale Stichprobengröße nach der diskreten Bernoulli-Wahrscheinlichkeitsfunktion wie folgt geschätzt:

   Alfa = 5 % D = absolute Genauigkeit (%) mit 95 % Vertrauen. Gewünschte absolute Genauigkeit n D Alfa=5 % Z=1,96 10 30,99 % n D= (1,96)/(2* Quadratwurzel (SQRT) (n)) 20 21,91 % 100 9,80 % 30 17,89 % 120 8,94 % 100 9,80 % 200 6,93 % 300 5,66 % 400 4,90 % 1000 3,10 % 10000 0,98 % 20000 0,69 % 30000 0,57 % 100000 0,3 % Gene bei IEDCR werden als COVID-19-positiv ausgewählt. Proben mit negativen RT-PCR-Ergebnissen ohne Amplifikation der COVID-19-Gene bei IEDCR werden als COVID-19 ausgewählt.

   • Geschlecht: Alle
   • Alter: 5 bis 70 Jahre (Kind, Erwachsener, älterer Erwachsener) 7.8.2. Ausschlusskriterien
   • Proben mit zweideutigen/mehrdeutigen RT-PCR-Ergebnissen in Bezug auf die Sigmoidalkurve und den Ct-Wert werden ausgeschlossen.

   Die Zustimmung der Patienten ist nicht erforderlich, da das CRO die Proben von IEDCR gemäß der Absichtserklärung mit IEDCR erhält. Es besteht also keine Anforderung an die Registrierung und Zustimmung des Patienten und CRF von der CRO-Seite.

   3.7 Datenerfassungsverfahren: COVID-19-positive Proben werden durch Laborbefunde positiver RT-PCR-Ergebnisse für die virale RNA bestätigt.

   3.8 Datenanalyse: Die Sensitivität, Spezifität, der positive Vorhersagewert und der negative Vorhersagewert des BRiCM-COVID-19-Echtzeit-RT-PCR-Kits werden bestimmt. Der Chi-Quadrat-Test (zweiseitig) wird zum Vergleich kategorialer Variablen durchgeführt. Ein p-Wert von ≤ 0,05 wird als Grad der signifikanten Assoziation betrachtet. Neben Sensitivität, Spezifität, positivem Vorhersagewert und negativem Vorhersagewert werden auch Kappa-Koeffizient, positives Likelihood-Verhältnis und negatives Likelihood-Verhältnis berechnet.

   3.9 Die Datenbank ist durch etablierte Sicherheitsverfahren vor unbefugtem Zugriff geschützt; geeignete Sicherungskopien der Datenbank und zugehöriger Softwaredateien sind aufzubewahren. Datenbanken werden vom Datenbankadministrator in Verbindung mit Aktualisierungen oder Änderungen an der Datenbank gesichert.

   3.10 Der Prüfarzt muss die Studiendaten dem Monitor und autorisierten Vertretern zugänglich machen. Der Prüfarzt muss dem Hauptprüfarzt alle drei Monate einen Zwischenstudienbericht mit Daten vorlegen. Gemäß den Anforderungen können Studienberichte und Daten dem Bangladesh Medical Research Council (BMRC) und der Generaldirektion der Arzneimittelverwaltung (DGDA) zur Verfügung gestellt werden. Der Ermittler muss die Zuverlässigkeit und Verfügbarkeit von Quelldokumenten sicherstellen.

   3.11 Überwachungsbesuche werden vom Hauptprüfarzt, dem Co-Prüfarzt sowie den Vertretern gemäß den Leitlinien für gute klinische Praxis (GCP) durchgeführt.

   3.12 Um die Vertraulichkeit der Versuchspersonen zu wahren, werden alle Studienteilnehmer auf Fallaufzeichnungsformularen (CRF) und anderen Unterlagen, die dem Prüfer vorgelegt werden, nur durch eine Standortnummer, eine Versuchspersonennummer und die Initialen der Versuchspersonen identifiziert. Zusätzliche Themen bezüglich der Vertraulichkeit (falls zutreffend) werden in der klinischen Studienvereinbarung behandelt.

   3.13 Alle Aufzeichnungen werden gegenüber dem PI, den Co-Ermittlern und dem Sponsor geheim gehalten, mit Ausnahme der verantwortlichen IEDCR-Verantwortlichen. Proben werden bei IEDCR mit Code/ID-Nummer und Datum identifiziert, bevor sie an BCTL/Contact Research Organization Limited (CROL) 4 gesendet werden. Für diese Studie ist das genannte Institut IEDCR/Bangladesh Clinical Trail Limited (BTCL)/CRO Ltd. in der Lage, dies zu tun Führen Sie die klinische Studie durch, um die Wirksamkeit des Kits anhand ihrer vorhandenen Ressourcen herauszufinden. Darüber hinaus kann CRO die Chemikalien, Reagenzien und Technologien verwalten, die für die Studie gemäß dem MoU zwischen den Finanzierungsagenturen benötigt werden.

   5. Interessenkonflikt BRiCM ist die Finanzierungsstelle des vorgeschlagenen COVID-19 RT-PCR-Kits und eine Körperschaft des öffentlichen Rechts, die unter der administrativen Kontrolle des Ministeriums für Wissenschaft und Technologie steht. Es ist eine Forschungsorganisation und ein Referenzinstitut im Bereich der chemischen Messtechnik. Sie ist weder ein Handelsunternehmen noch eine gewinnorientierte Organisation. Gemäß der verfassungsrechtlichen Sanktion besteht die Hauptverantwortung von BRiCM darin, Forschung zu betreiben, die zu solchen Innovationen führt, die einen Mehrwert für die Regierungsbemühungen zur Gewährleistung des Wohlergehens der Menschen darstellen.