Evaluación de ácido nucleico dirigida al cáncer en todo Ontario (OCTANE)

Una encuesta reciente de laboratorios de pruebas genéticas clínicas para el diagnóstico del cáncer realizada por el Comité Asesor de Oncología Molecular para el Cuidado del Cáncer de Ontario identificó disparidades en los patrones de acceso y uso para la secuenciación de próxima generación (NGS) en toda la provincia de Ontario. Los catorce laboratorios que respondieron indicaron que los instrumentos NGS se estaban utilizando actualmente para pruebas clínicas, estaban en la etapa de validación o que planeaban comprar instrumentos NGS en un futuro próximo. Los encuestados no estaban seguros de qué pruebas deberían realizarse, cómo la agencia de financiación provincial abordaría los costos y el reembolso (p. pruebas individuales frente a paneles) y cómo abordar los problemas informáticos de las pruebas de NGS, como el almacenamiento, la interpretación de variantes y la utilización a largo plazo.

Dado el uso cada vez mayor de pruebas de mutaciones somáticas multigénicas en la atención clínica rutinaria del cáncer (p. mutaciones de KRAS, NRAS y BRAF en el cáncer colorrectal, mutación de EGFR y translocación de ALK en el cáncer de pulmón de células no pequeñas, y mutaciones de BRAF, NRAS y cKIT en el melanoma maligno), existe la necesidad de ampliar la infraestructura para las pruebas de panel de NGS en clínicas. laboratorios. Con un sistema de atención médica provincial de pagador único, también existe la oportunidad de desarrollar un registro provincial de resultados de pruebas basados ​​en panel de NGS y un repositorio de muestras de sangre y tejidos tumorales caracterizados genómicamente y clínicamente anotados para acelerar el desarrollo de " pruebas basadas en ómica para uso clínico.

Este estudio inscribirá a pacientes con tumores sólidos incurables avanzados en hospitales seleccionados de Ontario que reciben tratamiento(s) paliativo(s) estándar. Se solicitará tejido tumoral archivado fijado en formalina e incrustado en parafina (FFPE) y se someterá a secuenciación de panel específica. Al mismo tiempo, se solicitará una muestra de tejido FFPE adicional para futuras investigaciones. También se les pedirá a los pacientes que proporcionen muestras de sangre para futuras investigaciones. Se anotará un número seleccionado de genes en un informe de investigación proporcionado a su oncólogo tratante. Además de las variantes informadas clínicamente, los resultados de las pruebas NGS específicas para todos los genes probados se capturarán en una base de datos de investigación clínica a la que puede acceder el oncólogo tratante en un portal seguro basado en la web.

Después de informar los resultados de la secuenciación de ADN objetivo en el portal web, el ADN tumoral restante se almacenará en los laboratorios de pruebas clínicas. Las muestras de sangre recolectadas en el momento del consentimiento y los bloques o portaobjetos de investigación FFPE adicionales recolectados para la investigación se transferirán a un biodepósito centralizado mantenido por el Ontario Tumor Bank (OTB) para un análisis más completo en el Princess Margaret (PM)-Ontario Institute for Cancer Research (OICR) Laboratorio de Genómica Traslacional (TGL). La sangre se someterá a la extracción estándar de ADN de la línea germinal y al procesamiento del plasma para el futuro aislamiento del ADN tumoral circulante (ctDNA) y el ARN (ctRNA) en el PM-OICR TGL. Las muestras de pacientes seleccionadas se caracterizarán aún más en el PM-OICR TGL para el desarrollo de pruebas, secuenciación adicional o investigación de descubrimiento.

A todos los pacientes se les pedirá permiso para compartir datos con otros investigadores del cáncer. El consentimiento también incluirá una disposición para la revisión de los registros de salud del paciente a través de la revisión de las historias clínicas o las bases de datos administrativas (es decir, Cancer Care Ontario New Drug Funding Program, Provincial Cancer Registry, etc.) para obtener información adicional sobre el tiempo de los tratamientos farmacológicos y la supervivencia.