Ontarion laajuinen syövän kohdennettu nukleiinihappoarviointi (OCTANE)

Ontarion syöpädiagnostiikkaa varten tehdyssä kliinisissä geneettisissä testauslaboratorioissa tehdyssä tutkimuksessa havaittiin eroja seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) saatavuudessa ja käyttötavoissa Ontarion provinssissa. Kaikki neljätoista vastannutta laboratoriota ilmoittivat, että NGS-instrumentteja joko käytettiin parhaillaan kliiniseen testaukseen, ne olivat validointivaiheessa tai aikoivat ostaa NGS-instrumentteja lähitulevaisuudessa. Vastaajat olivat epävarmoja siitä, mitä testejä tulisi tehdä, kuinka läänin rahoitusvirasto käsittelee kustannuslaskennan ja korvauksen (esim. yksittäiset testit vs. paneelit) ja kuinka käsitellä NGS-testauksen tietoongelmia, kuten tallennusta, muunnelmien tulkintaa ja käyttöä pitkällä aikavälillä.

Ottaen huomioon monigeenisten somaattisten mutaatioiden testauksen lisääntyvä käyttö rutiininomaisessa kliinisessä syövänhoidossa (esim. KRAS-, NRAS-, BRAF-mutaatiot paksu- ja peräsuolen syövässä, EGFR-mutaatio ja ALK-translokaatio ei-pienisoluisessa keuhkosyöpässä sekä BRAF-, NRAS- ja cKIT-mutaatiot pahanlaatuisessa melanoomassa), on tarvetta laajentaa NGS-paneelitestauksen infrastruktuuria kliinisissä laboratoriot. Yhden maksajan maakunnallisen terveydenhuoltojärjestelmän avulla on myös mahdollisuus kehittää maakuntalaajuinen NGS-paneelipohjaisten testitulosten rekisteri sekä genomillisesti karakterisoitujen ja kliinisesti annotoitujen kasvainkudosten ja verinäytteiden arkiston, joka nopeuttaa muiden " omic"-pohjaiset testit kliiniseen käyttöön.

Tähän tutkimukseen otetaan potilaita, joilla on pitkälle edennyt, parantumaton kiinteä kasvain, valittuihin Ontarion sairaaloihin, jotka saavat tavanomaista palliatiivista hoitoa. Arkistoitua formaliinilla kiinnitettyä parafiiniin upotettua (FFPE) kasvainkudosta pyydetään ja sille suoritetaan kohdennettu paneelisekvensointi. Samaan aikaan pyydetään lisää FFPE-kudosnäyte tulevia tutkimustarkoituksia varten. Potilaita pyydetään myös toimittamaan verinäytteitä tulevaa tutkimusta varten. Valittu määrä geenejä merkitään heidän hoitavalle onkologilleen toimitettavaan tutkimusraporttiin. Kliinisesti raportoitujen muunnelmien lisäksi kaikkien testattujen geenien kohdennettuja NGS-testaustuloksia tallennetaan kliinisen tutkimustietokantaan, johon hoitava onkologi pääsee käsiksi suojatussa verkkoportaalissa.

Kohdennettujen DNA-sekvensointitulosten raportoinnin jälkeen web-portaaliin jäljellä oleva kasvain-DNA säilytetään kliinisissä testauslaboratorioissa. Suostumushetkellä kerätyt verinäytteet ja tutkimukseen kerätyt FFPE-tutkimuslohkot tai -levyt siirretään Ontario Tumor Bankin (OTB) ylläpitämään keskitettyyn biovarastoon kattavampaa analysointia varten Princess Margaret (PM)-Ontario Institute for Cancer -instituutissa. Tutkimus (OICR) Translational Genomics Laboratory (TGL). Veri läpikäy standardinmukainen ituradan DNA-uutto ja plasmaprosessointi tulevaa kiertävän kasvain-DNA:n (ctDNA) ja RNA:n (ctRNA) eristämiseksi PM-OICR TGL:ssä. Valitut potilasnäytteet karakterisoidaan edelleen PM-OICR TGL:ssä testin kehitystä, lisäsekvensointia tai löytötutkimusta varten.

Kaikkia potilaita pyydetään antamaan lupa tietojen jakamiseen muiden syöpätutkijoiden kanssa. Suostumus sisältää myös säännöksen potilaiden terveystietojen tarkastamisesta potilaskarttojen tai hallinnollisten tietokantojen (esim. Cancer Care Ontario New Drug Funding Program, Provincial Cancer Registry jne.) saadaksesi lisätietoa lääkehoidoista ja selviytymisestä.