Ontario-brede kankergerichte nucleïnezuurevaluatie (OCTANE)

Een recent onderzoek van klinisch genetische testlaboratoria voor kankerdiagnostiek door de Molecular Oncology Advisory Committee for Cancer Care Ontario identificeerde verschillen in toegangs- en gebruikspatronen voor next generation sequencing (NGS) in de provincie Ontario. Alle veertien responderende laboratoria gaven aan dat NGS-instrumenten momenteel worden gebruikt voor klinische tests, zich in de validatiefase bevinden of dat ze van plan zijn om in de nabije toekomst NGS-instrumenten aan te schaffen. De respondenten waren onzeker over welke tests moesten worden uitgevoerd, hoe de kosten en vergoedingen zouden worden aangepakt door de provinciale financieringsinstantie (bijv. individuele tests versus panels), en hoe om te gaan met informaticaproblemen van NGS-testen, zoals opslag, variantinterpretatie en gebruik op de lange termijn.

Gezien het toenemende gebruik van multi-gen somatische mutatietesten in de routinematige klinische kankerzorg (bijv. KRAS-, NRAS-, BRAF-mutaties bij colorectale kanker, EGFR-mutatie en ALK-translocatie bij niet-kleincellige longkanker, en BRAF-, NRAS- en cKIT-mutaties bij maligne melanoom), is er behoefte aan uitbreiding van de infrastructuur voor NGS-paneltesten in klinische laboratoria. Met een provinciaal gezondheidszorgsysteem met één betaler is er ook een mogelijkheid om een ​​provinciaal breed register van op NGS-panels gebaseerde testresultaten en een opslagplaats van genomisch gekarakteriseerde en klinisch geannoteerde tumorweefsels en bloedmonsters te ontwikkelen om de ontwikkeling van aanvullende " op omic" gebaseerde tests voor klinisch gebruik.

Deze studie zal patiënten met vergevorderde, ongeneeslijke solide tumoren inschrijven in geselecteerde ziekenhuizen in Ontario die standaard palliatieve behandeling(en) krijgen. Archiefformaline-gefixeerd paraffine-ingebed (FFPE) tumorweefsel zal worden opgevraagd en gerichte panelsequencing ondergaan. Tegelijkertijd zal een extra FFPE-weefselmonster worden aangevraagd voor toekomstige onderzoeksdoeleinden. Patiënten zullen ook worden gevraagd om bloedmonsters te verstrekken voor toekomstig onderzoek. Een geselecteerd aantal genen zal worden geannoteerd in een onderzoeksrapport dat aan hun behandelend oncoloog wordt verstrekt. Naast de klinisch gerapporteerde varianten, zullen gerichte NGS-testresultaten voor alle geteste genen worden vastgelegd in een klinische onderzoeksdatabase die toegankelijk is voor de behandelend oncoloog in een beveiligd webgebaseerd portaal.

Na de rapportage van gerichte DNA-sequencingresultaten in het webportaal, zal het resterende tumor-DNA worden opgeslagen in de klinische testlaboratoria. Bloedmonsters die zijn verzameld op het moment van toestemming en aanvullende FFPE-onderzoeksblokken of objectglaasjes die voor onderzoek zijn verzameld, worden overgebracht naar een gecentraliseerde biorepository die wordt onderhouden door de Ontario Tumor Bank (OTB) voor uitgebreidere analyse bij het Princess Margaret (PM)-Ontario Institute for Cancer Onderzoek (OICR) Translationeel Genomics Laboratorium (TGL). Bloed zal standaard kiembaan-DNA-extractie en plasmaverwerking ondergaan voor toekomstige isolatie van circulerend tumor-DNA (ctDNA) en RNA (ctRNA) bij de PM-OICR TGL. Geselecteerde patiëntmonsters zullen verder worden gekarakteriseerd bij de PM-OICR TGL voor testontwikkeling, aanvullende sequencing of ontdekkingsonderzoek.

Alle patiënten zullen worden gevraagd om toestemming te geven voor het delen van gegevens met andere kankeronderzoekers. De toestemming zal ook een voorziening bevatten voor de beoordeling van patiëntendossiers door middel van beoordeling van patiëntendossiers of administratieve databases (d.w.z. Cancer Care Ontario New Drug Funding Program, Provincial Cancer Registry, etc.) om aanvullende informatie te verkrijgen over tijd voor medicamenteuze behandelingen en overleving.