Erilaisten suurtehosekvensointistrategioiden lääketieteellinen ja taloudellinen arviointi älyllisestä vajaatoiminnasta kärsivien potilaiden diagnosoinnissa (DISSEQ)

Älyllinen puute (ID) on todellinen kansanterveysongelma, koska se vaikuttaa 1–3 prosenttiin väestöstä. Tällä hetkellä Ranskassa diagnoosi perustuu kliiniseen asiantuntemukseen, DNA-mikrosiruanalyysin käyttöön, fragile-X-oireyhtymän seulomiseen ja tarvittaessa kohdegeenien tutkimukseen kliinisistä tiedoista riippuen. Vaikka kliininen asiantuntemus ei riitä erityisesti yhden geenin kohdistamiseen, nämä erilaiset työkalut johtavat tällä hetkellä diagnoosiin keskimäärin vain 20 %:lla potilaista (korkeampi prosenttiosuus syndrooman älyllisen vajaatoiminnan tapauksissa), joskus useiden kalliiden biologisten tutkimusten jälkeen.

High-throughput-sekvensoinnin (HTS) ansiosta lääketieteellinen genetiikka on kokemassa suuren teknologisen mullistuksen, joka johtuu kohdegeenien sekvensointipaneelien kehittämisestä, kuten esimerkiksi DI459-paneelista, joka koostuu 459 geenistä, jotka liittyvät tai todennäköisesti ovat mukana. liittyy ID:hen, jonka on kehittänyt Strasbourgissa työskentelevä tiimi ja koko-eksome-sekvensointi (WES). HTS:n käyttöönotto diagnosoinnissa on tapahtunut eri nopeuksilla maittain, joista osa on käyttänyt sitä rutiinidiagnoosissa useiden vuosien ajan. Se, minkä tyyppistä strategiaa kehityspoikkeavuuksien yhteydessä omaksutaan, keskustellaan edelleen Ranskassa, koska kustannustehokkuusanalyyseistä ei ole saatu tuloksia. tämä puute on haitannut näiden tekniikoiden käyttöönottoa.

ID:n diagnosoinnissa DI459-paneelin diagnostinen saanto on 25 %. Kirjallisuuden tiedot osoittavat myös WES:n korkean tehokkuuden ID-potilailla: noin 32 % geneettisistä diagnooseista (nousevat asteittain mahdollisen uudelleenanalyysin ansiosta genomiikan tietämyksen kehittyessä) ja 10 % lisädiagnooseista kromosomien mikro-uudelleenjärjestelyjen tunnistamisen kautta, mikä tekee arviolta 42 % diagnooseista. WES voisi siten korvata array-CGH:n. Kustannukset ovat korkeammat kuin DI44- ja DI459-paneeleilla, mutta se tarkoittaa, että tutkimuksia ei tarvitse toistaa peräkkäin, jos tutkimukset ovat negatiivisia.

Kysymys lääketieteellisestä taloudellisesta arvosta on siten keskeinen määritettäessä, mikä strategia on tehokkain. HTS:n käytöstä diagnostisiin tarkoituksiin on jo tehty muutamia lääketieteellis-taloudellisia tutkimuksia, joissa verrataan klassisia tutkimuksia WES:iin, mutta yksikään niistä ei ole koskenut ID:tä tai vertailla paneelisekvensointia WES:iin. Tässä yhteydessä lääketieteellinen ja taloudellinen tutkimus on välttämätön Ranskassa, koska viime kädessä sopivimman HTS-strategian valinnalla ID:n diagnosoinnissa on merkittäviä vaikutuksia paitsi kliinisiin ja taloudellisiin, myös yhteiskuntaan yleensä. etujen takia 1) potilaiden hoitoon ja ennusteeseen sekä 2) perheille, koska heillä on parempi pääsy geneettiseen neuvontaan. On tärkeää huomata, että geneettinen yhteisö ei ole koskaan kokenut näin valtavaa teknologista innovaatiota, joka johtaa massiiviseen diagnostisen tuoton kasvuun, mikä oikeuttaa yhteisön kiinnostuksen tälle innovaatiolle.