Molekyylimikrobiologia niveltulehdusinfektiossa (MOLOS)

Tausta: Osteonivelinfektiot ovat tuskallisia ja vammauttavia sairauksia, jotka vaativat mikro-organismeihin soveltuvaa antimikrobista hoitoa. Mikrobiologisia viljelmiä pidetään tällä hetkellä referenssinä patogeenisten bakteerien tunnistamisessa ja näyttää siltä, ​​että mikrobiologiset viljelmät riittävät useimmissa tapauksissa diagnoosin vahvistamiseen. Näiden viljelmien herkkyys on kuitenkin hyvin vaihteleva ja riippuu sekä kontekstista, jossa kliiniset näytteet otetaan, että mukana olevasta patogeenistä. Lisäksi aikaisemmat kokeelliset tiedot osoittavat, että molekyylimenetelmät voivat tuottaa diagnoosin, joka puuttuu tavanomaisista viljelmistä. Päätavoite: Tutkimuksen tavoitteena on arvioida mikrobiologisten viljelmien ja molekyylimenetelmän diagnostisia suorituskykyjä ottamalla tapausten määrittelyssä huomioon kliiniset, radiologiset ja biologiset argumentit, joita yleensä käytetään luu- ja nivelinfektioiden diagnoosin määrittämiseen. Näiden kahden menetelmän ristiriidat luokitellaan toissijaisesti niveltulehduksen asiantuntijaryhmän toimesta (jonka muodostavat bakteriologi, radiologi, kirurgi, anatomiapatologi ja reumatologi). Testattu hypoteesi: nivelten diagnosointiin liittyvien molekyylimenetelmien kiinnostus infektiot.Toissijainen tavoite:Kahdella menetelmällä saatujen tulosten viivästymisen kvantifiointi Tutkimussuunnitelma: · Yksi keskus, joka on erikoistunut niveltulehduksiin · Havainnollinen prospektiivinen tutkimus · Kaksi diagnoosimenetelmää: viljelmät ja molekyylimenetelmät · Asiantuntijaryhmä Mukana potilaat ja potilaiden lukumäärä potilaat: Yhteensä 284 potilasta, jotka koostuvat 194 tapauksesta ja 90 kontrollista. Mukana olevilla potilailla (n=194) on kaikilla epäilty diagnoosi niveltulehduksista, mukaan lukien discitis, septinen niveltulehdus ja proteettinen niveltulehdus, jotka määritellään mukaanlukien kriteerien mukaan. Mukana olevien potilaiden tuloksia verrataan vertailupotilaiden ryhmästä (n=90) saaduille tutkimuksille. Kestoprotokolla: Tutkimuksen kesto on 6 kuukautta kullekin potilaalleProtokollan kesto on suunniteltu 2 vuodeksi. Toimenpiteet: Kaikki näytteet käsitellään samalla menettelyllä - Näytteet (nivelnesteet, biopsiat, ..) otetaan talteen joko leikkauksen aikana, pistosimulla sängyn vieressä tai ohjatulla ultraäänellä, kaikki steriileissä olosuhteissa (naamio, steriilit käsineet, varovainen ihon valmistelu ja pyyhe) ja kuljetetaan bakteriologian osastolle steriileissä putkissa ilman lisää substraattia alle 12 tunnissa. - Bakteriologiset toimenpiteet suoritetaan osteoartikulaariseen infektioon sovellettavien ohjeiden mukaisesti · Nestenäytteet: erytrosyytti- ja leukosyyttimäärät, polymorfonukleaarinen prosenttiosuus · Kiinteät näytteet: murskataan mekaanisella laitteella · Gram- ja auramiinivärjäys · Viljelmät 37 °C:ssa Columbia lampaan veriagarilla (aerobisesti ja anaerobisesti 5 päivää), suklaaagar, jota on täydennetty IsoVitaleX:llä (5 % CO2:lla 5 päivän ajan), aivosydäninfuusioliemi (anaerobisesti 15 päivän ajan alaviljelmillä, jotka on tehty 10 päivän jälkeen samalla agar-alustalla, vaikka näkökulma ei olisi pilvinen).· Mykobakteeriviljelmä : Lowenstein-Jensen- ja COLETSOS-elatusaineet, MGIT inkuboitu 3 kuukautta. Molekyylitoimenpiteet · DNA-manipulaatiot ennen ja jälkeen PCR:n: erillisissä tiloissa erillisillä pipetointilaitteilla estämään näytteiden kontaminoituminen vieraalla DNA:lla. · Pre-PCR-vaiheissa käytetyt laitteet: DNA-vapaa ja UV-säteilytetty. · Boomin menetelmään perustuva DNA:n erottaminen: QIAGEN-sarja ja EZ1 BioRobot · Laaja-alainen 16S-rRNA-geenin monistus · Amplikonit: sekvensoitu molempiin suuntiin ABIPRISM 3100 -analysaattorilla (Applied Bio Systems, COURTABOEUF, Ranska). · Kloonauskokeet useille sekvensseille yhdessä näytteessä · Sekvenssin analyysi: GenBank käyttäen BLASTN-ohjelmaa National Center of Biotechnology Information -sivuston kautta.· Sisäinen kontrolli PCR: b-aktiinigeeni · Reaaliaikainen PCR: mykobakteerien ja gonokokki-niveltulehduksen havaitsemiseen- Mahdolliset vaikutukset: Olisimme voineet valita, kuten useimmat tähän mennessä julkaistut tutkimukset, verrata molekyylimenetelmäämme toiseen diagnoosimenetelmään (kulttuuri, histologia). Tällä hetkellä ei kuitenkaan ole olemassa kultastandardia, ja niveltulehdusten diagnoosi perustuu yleensä argumenttien kertymiseen. Asiantuntijaryhmän sääntönä on määrittää pienemmällä mahdollisella virheellä, onko jokainen mukana oleva potilas "tartunnan saanut". Tämä menetelmä on lähellä päivittäistä kliinistä todellisuutta ja luottaa potilasta hoitavaan lääkäriin. Jos tutkimus osoittaa ryhmissämme molekyylibiologian etua klassisiin menetelmiin verrattuna, olisi silloin perusteltua keskustella niveltulehdusten diagnoosikaaviosta.