Molekuláris mikrobiológia az osteo-arthritis fertőzésben (MOLOS)

Háttér: Az oszteoartikuláris fertőzések fájdalmas és mozgássérült betegségek, amelyek az érintett mikroorganizmusokhoz igazodó antimikrobiális kezelést igényelnek. A mikrobiológiai tenyészet jelenleg referenciaként szolgál a kórokozó baktériumok azonosításához, és úgy tűnik, hogy a mikrobiológiai tenyészetek a legtöbb esetben elegendőek a diagnózis felállításához. Ezeknek a tenyészeteknek az érzékenysége azonban nagyon változó, és függ mind a klinikai mintavétel körülményeitől, mind az érintett kórokozótól. Ezenkívül a korábbi kísérleti adatok azt mutatják, hogy a molekuláris módszerekkel olyan diagnózist állíthatnak elő, amely a hagyományos kultúrákból hiányzik. Fő célkitűzés: A tanulmány célja a mikrobiológiai tenyészetek és a molekuláris módszer diagnosztikai teljesítményének értékelése, az esetek meghatározásánál figyelembe véve a csont- és ízületi fertőzések diagnózisának felállításához általában használt klinikai, radiológiai és biológiai érvek halmozását. A két módszer eltérését az oszteoartikuláris fertőzések szakértői csoportja másodlagosan minősíti (amely egy bakteriológus, egy radiológus, egy sebész, egy anatómiai-patológus és egy reumatológusból áll). fertőzések.Másodlagos cél: A két módszerrel kapott eredmények késésének számszerűsítése Vizsgálatterv: · Egy osteoarticularis fertőzésekre szakosodott központ · Megfigyelési prospektív vizsgálat · Két diagnosztikai módszer: tenyészet és molekuláris módszerek · Szakértői csoport A betegek és a betegek száma betegek: Összesen 284 beteg, 194 esetből és 90 kontrollból. A bevont betegeknél (n=194) csont-ízületi fertőzések gyanúja áll fenn, beleértve a discitist, a szeptikus ízületi gyulladást és a prosztikus ízületi fertőzést, amelyet a beszámítási kritériumok határoznak meg. A bevont betegek eredményeit összehasonlítják majd a kontroll betegek csoportjából nyertekhez (n=90). Időtartam protokollja: A vizsgálat időtartama betegenként 6 hónap. A protokoll időtartama 2 évre tervezett Eljárások:Minden mintát ugyanazzal az eljárással kezelünk - Minták (izületi folyadékok, biopsziák, ..) vagy műtét során, az ágy melletti punkciós aspirációval, vagy irányított ultrahangos vizsgálattal, steril körülmények között (maszk, steril kesztyű, óvatos bőrelőkészítés és törülköző) kerülnek kinyerésre, és steril csövekben szállítják a Bakteriológiai osztályra. további hordozó kevesebb, mint 12 óra alatt. - A bakteriológiai eljárások az osteoartikuláris fertőzésre vonatkozó irányelvek szerint történnek. · Folyékony minták: eritrocita- és leukocitaszám, polimorfonukleáris százalék · Szilárd minták: mechanikus berendezéssel zúzott · Gram- és auraminfestés · Tenyésztések 37°C-on Columbia juhvér agaron (aerob és anaerob módon 5 napig), csokoládéagar IsoVitaleX-szel kiegészítve (5% CO2-val 5 napig), agyszív infúziós tápleves (anaerob módon 15 napig, 10 nap után végzett szubkultúrákkal ugyanazon agar táptalajon, még akkor is, ha a szempont nem felhős).· Mikobaktérium tenyészet: Lowenstein-Jensen és COLETSOS táptalaj, MGIT 3 hónapig inkubálva. Molekuláris eljárások· DNS manipulációk PCR előtt és után: külön helyiségekben külön pipettázó eszközökkel, hogy megakadályozzuk a minták idegen DNS-sel való szennyeződését. · A PCR előtti lépésekben használt berendezések: DNS-mentes és UV-besugárzott. · DNS kivonás Boom módszerén: QIAGEN kit és EZ1 BioRobot · Széles hatótávú 16S rRNS génamplifikáció · Amplikonok: mindkét irányban szekvenálva ABIPRISM 3100 analizátoron (Applied Bio Systems, COURTABOEUF, Franciaország). · Klónozási kísérletek több szekvenciára egy mintában · A szekvencia elemzése: GenBank a BLASTN programmal a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központ honlapján keresztül.· Belső kontroll PCR: b-aktin gén · Valós idejű PCR: mycobacteriumok és gonococcus ízületi gyulladás kimutatására- Lehetséges következmények: Az eddig publikált tanulmányok többségéhez hasonlóan dönthettünk volna úgy, hogy molekuláris módszerünket egy másik diagnosztikai módszerrel hasonlítjuk össze. (kultúra, szövettan). Jelenleg azonban nincs aranystandard, és az osteoartikuláris fertőzések diagnózisa általában az érvek halmozódásán alapul. A szakértői csoport szabálya az, hogy kisebb hibával állapítsa meg, hogy minden érintett beteg „fertőzött-e”. Ez a módszer közel áll a napi klinikai valósághoz, és megbízik a beteget kezelő orvosban. Ha a vizsgálat a molekuláris biológia előnyeit mutatja a klasszikus módszerekkel szemben csoportjainkban, akkor indokolt lenne az osteoartikuláris fertőzések diagnosztikai diagramjának megvitatása.