Bakteerien suora molekyylikarakterisointi teho-osastolta ja REHABista

Tutkijoiden tavoitteena on määrittää tärkeimmät bakteerien aktiivisuudet ja ominaisuudet tartunnan saaneessa potilaassa kohdennetumman ja tehokkaamman antimikrobisen löydön perustana. Tutkijat määrittävät kymmenien tai satojen patogeeniproteiinien määrän samojen patogeenikantojen näytteissä ja in vitro -viljelmissä käyttämällä huippuluokan ultraherkkiä proteomiikan lähestymistapoja (Parallel response Monitoring (PRM), Sequential Windowed Acquisition of All Theoretical Fragment Ion). Massaspektrit (SWATH-MS). Tiedot analysoidaan käyttämällä erityisiä massaspektrometria- ja proteomiikkapaketteja käyttäen parametrisia ja ei-parametrisia tilastoja (väärä löytönopeuden määritys houkutustietokantojen perusteella; log-muunnettujen runsaustietojen t-testit Benjamin-Hochberg-korjauksilla useita testauksia varten, normaalijakauma tiedot arvioidaan Kolmogorov-Smirnov-testillä).

In vitro- ja eläininfektiokokeista saatujen kokemusten perusteella 10 näytekoko voi paljastaa kaksinkertaiset erot proteiinien runsaudessa 500 huippuproteiinin välillä, kun merkitsevyys on α = 0,05 ja teho β = 0,8 (useita testejä koskevan korjauksen jälkeen). On kuitenkin mahdollista, että ihmispotilasnäytteillä on suurempi varianssi verrattuna eläininfektiomalleihin. Näin ollen tutkijat käyttävät peräkkäisten tilastojen lähestymistapaa, jossa he jatkuvasti säätävät otoskoon arvioita kertyvän tiedon varianssin perusteella. Saattaa olla mahdollista, että kahden vuoden kuluessa ei saavuteta riittävää näytekokoa kaikille kiinnostaville bakteeripatogeeneille.