Direkte molekylær karakterisering af bakterier fra ICU og fra REHAB

Efterforskernes mål er at bestemme større bakterielle aktiviteter og egenskaber hos den inficerede patient som grundlag for mere målrettet, effektiv antimikrobiel opdagelse. Efterforskere vil bestemme overfloden af ​​snesevis til hundredvis af patogene proteiner i prøverne og i in vitro-kulturer af de samme patogenstammer ved hjælp af banebrydende ultrafølsomme proteomiske tilgange (Parallel reaktionsovervågning (PRM), Sequential Windowed Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Massespektre (SWATH-MS). Data vil blive analyseret ved hjælp af dedikerede massespektrometri- og proteomikpakker ved hjælp af parametriske og ikke-parametriske statistikker (fastsættelse af falsk opdagelseshastighed baseret på lokkedatabaser; t-test af log-transformerede overflodsdata med Benjamin-Hochberg-korrektioner til multiple test, normal fordeling af data vil blive evalueret af Kolmogorov-Smirnov test).

Baseret på erfaringer fra in vitro- og dyreinfektionsforsøg kan en prøvestørrelse på 10 afsløre dobbelte forskelle i proteinmængden blandt 500 topproteiner ved en signifikans på α = 0,05 og en styrke på β = 0,8 (efter korrektion for flere test). Det er dog muligt, at prøver fra humane patienter har større varians sammenlignet med dyreinfektionsmodeller. Efterforskere vil således bruge en sekventiel statistiktilgang, hvor de løbende justerer stikprøvestørrelsesestimater baseret på variansen af ​​de akkumulerende data. Det kan være muligt, at ingen tilstrækkelige prøvestørrelser for alle bakterielle patogener af interesse vil blive nået inden for to år.