Pilottitutkimus vastasyntyneen seulonnan toteutettavuuden ja hyväksyttävyyden arvioimiseksi Silico-paneelipohjaisessa soologenomisekvensoinnissa Ranskassa (PGC1)

Vastasyntyneen seulonta (NBS), joka perustuu genomisekvensointiin (GS), on tällä hetkellä erityinen huomio sekä eurooppalaisella että kansainvälisellä tasolla. Viimeisen kolmen vuoden aikana useat julkaisut ovat keskustelleet GS: n käytön mahdollisuuksista ja haasteista. Tähän päivään mennessä vain kaksi kiinalaista ohjelmaa on julkaissut tuloksensa, ensimmäisen sarjan 29 601 terveellistä vastasyntynyttä ja toinen sarjassa 10 334 terveellistä vastasyntynyttä ja 668 korkean riskin lapsia. Maailmanlaajuisesti yli kaksikymmentä pilottihanketta on käynnissä, vaikka sitä ei ole toistaiseksi aloitettu Ranskan yhteydessä. Eri pilottihankkeissa käytetään erilaisia ​​opintosuunnitelmia. Suurin osa on valinnut kohdennettu GS-pohjainen analyysi lastenlääketieteellisten sairauksien seulomiseksi. Jotkut projektit keskittyvät yksinomaan sairauksiin, joille on olemassa tehokkaita lääkkeitä tai interventioita oireiden estämiseksi tai vähentämiseksi. Sitä vastoin toiset tarjoavat vanhemmille mahdollisuuden seuloa vastasyntyneidensä sairauksien suhteen ilman nykyisiä hoitovaihtoehtoja, mutta jolle hoito on alikehittynyt tai kiinnostuksen kohteena varhaisessa hallinnassa, useimpien vanhempien käyttämä valinta. Näiden sairauksien varhainen diagnoosi voi todellakin auttaa käyttöön hoidossa tai interventioissa, kun ne tulevat saataville, osallistumaan uusien hoitomuotojen tutkimuskokeisiin sekä varhaisen johtamisen ja geneettisen neuvonnan saamiseksi.

Ranskassa National NBS -ohjelma on jo pitkään tunnustettu maailmanlaajuisesti organisaation laadusta ja kattavuudestaan, vaikka viime aikoihin asti siinä on yksi pienimmistä määristä Euroopassa seulottuja sairauksia. Vuoden 2010 puolivälistä lähtien ranskalaiset NBS sisältää vain 14 vakavaa sairautta. Äskettäin Ranskan bioetiikan laki on kehittynyt sallimaan geenitestauksen käytön NBS: n ensisijaisena menettelynä. Samanaikaisesti genomisten tekniikoiden kehitys ja tehokkuus sekä hoidettavien harvinaisten sairauksien (RDS) nopea lisääntyminen herättävät kysymyksiä näiden NBS: n genomisten menetelmien hyväksyttävyydestä ja relevanssista ja sen mahdollisesta laajennuksesta. NBS: n laajentaminen moniin varhaisen alkamisen RDS: ään edustaa RDS: n todellista kansanterveyshaastetta, joista 80% on geneettistä alkuperää, vastaa 10% kuolemista ennen 5 -vuotiaita.

FHU-Translad on kehittänyt Perigenomed-projektin, laajamittaisen projektin, jonka tavoitteena on arvioida PGS-NBS: n merkitystä Ranskassa (analyyttinen ja kliininen pätevyys, kliininen hyödyllisyys sekä psykososiaalinen, eettinen ja organisaatiokysymys).

PGS-NBS (tunnetaan myös nimellä Silico-paneelipohjainen GS, ts. Analyysi, joka suoritetaan kokonaan informaattisten työkalujen avulla) koostuu bioinformatiikan suodatusvaiheista, jotka palauttavat vain valitut variantit ja/tai harvinaiset variantit GS: ltä annettujen kohdennetuista geeneistä. Joten vaikka lähdetiedot tulevat GS: stä, on mahdollista määrittää putkilinja palauttaaksesi vain ne variaatiot, joiden tiedetään olevan vastuussa tietyistä RDS: stä.

Perigenomed -projekti johdetaan kahdessa vaiheessa. Ensimmäinen pilottivaihe (tässä protokollassa esitetty perigenomed-klinikat 1-PGC1-tutkimus) pyrkii arvioimaan PGS-NBS Francen toteutettavuutta ja hyväksyttävyyttä. Tämä pilottitutkimus aikoo seuloa 2 500 vastasyntynyttä käyttämällä PGS-NBS: ää, joka kohdistuu kahteen geeniluetteloon (1 vastaa geenimuuttujia, jotka ovat vastuussa hoidettavista harvinaisista sairauksista, 2 mukaan lukien geenien variaatio, joka johtaa toimivia harvinaisia ​​sairauksia). Molemmissa luetteloissa vain varhaisen alkamisen RDS otetaan huomioon. PGC1 -tutkimusta kuljetetaan viidessä terveydenhuoltokeskuksessa Ranskassa, ja tulosten odotetaan palautettavan lääkäreille alle 4 viikon kuluessa. Se tarjoaa myös ymmärryksen optimaalisesta tiedosta ja analyyttisistä reiteistä, sekä PGS-NBS: n mahdolliset organisaation vaikutukset sekä ensimmäinen käsitys PGS-NBS: n pätevyydestä ja vastasyntyneiden kliinisestä kulusta, ja se on myös vahvistettu RD: n tutkimuksessa PGC1-tutkimuksessa. Ensimmäisessä keskitytään syyt, jotka hylkääjien ja deklinerien yksilöllisellä ja kontekstuaalisella tasolla) lääketieteellisiin ja sosioekonomisiin ominaispiirteisiin ja osallistujiin verrattuna. Toinen arvioi tulosten paljastamisen psykososiaalista vaikutusta positiivisten vastasyntyneiden perheisiin verrattuna negatiivisiin.

Nämä alkuperäiset tulokset tarjoavat ensimmäiset tulokset ennen toisen suuremman vaiheen perigenomed-clinics 2: n (PGC2-tutkimus-22 000 vastasyntyntä), joka on suunniteltu tutkimaan tällaisten PGS-NB: ien toteuttamista rutiinilla alueellisella tasolla.