En pilotstudie for å vurdere gjennomførbarheten og akseptabiliteten av nyfødt screening ved bruk av silico-panelbasert solo-genomsekvensering i Frankrike (PGC1)

Nyfødt screening (NBS) basert på genomsekvensering (GS) er for tiden gjenstand for spesiell oppmerksomhet på både europeisk og internasjonalt nivå. I løpet av de siste tre årene har flere publikasjoner diskutert mulighetene og utfordringene ved å bruke GS for NBS. Til dags dato har bare to kinesiske programmer publisert resultatene, de første på en serie på 29.601 sunne nyfødte og den andre på en serie på 10.334 sunne nyfødte og 668 spedbarn med høy risiko. Globalt er mer enn tjue pilotprosjekter i gang, selv om ingen hittil er satt i gang i den franske konteksten så langt. På tvers av de forskjellige pilotprosjektene brukes forskjellige studieutforminger. De fleste har valgt en målrettet GS-basert analyse for å screene for sykdommer på barn. Noen prosjekter fokuserer utelukkende på sykdommer som effektive medisiner eller intervensjoner eksisterer for å forhindre eller redusere symptomer. Derimot tilbyr andre foreldre muligheten til å screene sine nyfødte for sykdommer uten aktuelle behandlingsalternativer, men som en behandling er underutvikling, eller med interesse for tidlig ledelse, et valg som utøves av de fleste foreldre. Faktisk kan tidlig diagnose av disse sykdommene bidra til å introdusere behandlinger eller intervensjoner når de blir tilgjengelige, for å delta i forskningsforsøk på nye behandlinger og motta tidlig styring og genetisk rådgivning.

I Frankrike har det nasjonale NBS -programmet lenge blitt anerkjent over hele verden for sin organisatoriske kvalitet og forståelse, selv om det inntil nylig har et av de laveste antallet sykdommer som er vist i Europa. Fra midten av 2024 inkluderer den franske NBS bare 14 alvorlige sykdommer. Nylig har den franske bioetikkloven utviklet seg for å tillate bruk av genetisk testing som en førstelinjeprosedyre for NBS. Samtidig reiser utvikling og effektivitet av genomiske teknikker og den raske økningen i antall behandlingsbare sjeldne sykdommer (RDS) spørsmål om akseptabiliteten og relevansen av disse genomiske metodene for NBS og dens mulige utvidelse. Utvidelsen av NBS til mange RDS med tidlig begynnelse representerer en virkelig folkehelseutfordring ettersom RDS, hvorav 80% er av genetisk opprinnelse, utgjør 10% av dødsfallene før fylte 5 år.

FHU Translad har utdypet Perigenomed-prosjektet, et storstilt prosjekt som tar sikte på å vurdere relevansen av PGS-NBS i Frankrike (analytiske og kliniske gyldighet, kliniske nytteverdier og psykososiale, etiske og organisatoriske problemer).

PGS-NBS (også kjent som i silico-panelbasert GS, dvs. en analyse utført helt ved bruk av informatiske verktøy) består av bioinformatikkfiltreringstrinn som bare returnerer utvalgte varianter og/eller sjeldne varianter fra målrettede gener utstedt fra Gs. Så selv om kildedataene kommer fra GS, er det mulig å konfigurere rørledningen for bare å returnere de variasjonene som er kjent for å være ansvarlige for spesifikke RDS.

Perigenomed -prosjektet vil bli ledet i to trinn. Det første pilottrinnet (Perigenomed-Clinics 1-PGC1-studien), presentert i denne protokollen, tar sikte på å evaluere gjennomførbarheten og akseptabiliteten til PGS-NBS Frankrike. Denne pilotstudien planlegger å screene 2500 nyfødte ved å bruke PGS-NBS rettet mot to lister over gener (1 tilsvarende genervariabler som er ansvarlige for behandlingsbare sjeldne sykdommer, 2 inkludert genervariasjon som fører til handlingsrike sjeldne sykdommer). I begge lister vurderes bare RD -er med tidlig begynnelse. PGC1 -studien vil bli båret i 5 helsestasjoner i Frankrike, med resultatene som forventes å bli returnert til klinikere i løpet av mindre enn 4 uker. Det vil også gi en forståelse av optimal informasjon og analytiske veier, og de mulige organisatoriske konsekvensene av PGS-NBS, samt en første innsikt om gyldigheten av PGS-NBS og om det kliniske forløpet av nyfødte som ble vist positivt og med en bekreftet RD-to-studier i humaniteter og sosiale vitenskaper (HS) vil også være koblet til PG-studier. Den første vil fokusere på årsakene gitt av deklinister og på de medisinske og sosioøkonomiske egenskapene (på individuelt og kontekstuelt nivå) av decliners versus deltakere. Den andre vil vurdere den psykososiale effekten av resultatavsløring på familier av positive nyfødte, sammenlignet med negative.

Disse innledende resultatene vil gi de første resultatene før lanseringen av en andre større fase perigenomed-clinics 2 (PGC2-studie-22 000 nyfødte), designet for å studere implementeringen av slike PGS-NB-er i rutine på regionalt nivå.