Пилотное исследование для оценки осуществимости и приемлемости скрининга новорожденных с использованием в секвенировании сольного генома на основе панели на кремне. (PGC1)

Скрининг новорожденных (NBS) на основе секвенирования генома (GS) в настоящее время является предметом особого внимания как на европейском, так и на международном уровнях. За последние три года несколько публикаций обсуждали возможности и проблемы использования GS для NBS. На сегодняшний день только две китайские программы опубликовали свои результаты, первые в серии из 29 601 здоровых новорожденных, а вторые-в серии из 10 334 здоровых новорожденных и 668 детей с высоким риском. Во всем мире более двадцати пилотных проектов продолжаются, хотя до сих пор ни один из них не был инициирован во французском контексте. В различных пилотных проектах используются различные исследования. Большинство из них выбрали целевой анализ на основе GS для экрана для детских заболеваний. Некоторые проекты сосредоточены исключительно на заболеваниях, для которых существуют эффективные лекарства или вмешательства для предотвращения или уменьшения симптомов. Напротив, другие предлагают родителям возможность проверять своих новорожденных на предмет заболеваний без текущих вариантов лечения, но для которых лечение является недостаточно развитием, или с интересом к раннему управлению, выбором, используемым большинством родителей. Действительно, ранняя диагностика этих заболеваний может помочь внедрить методы лечения или вмешательства, когда они становятся доступными, участвовать в исследовательских испытаниях по новым методам лечения и получения раннего управления и генетического консультирования.

Во Франции национальная программа NBS уже давно признана во всем мире за его организационное качество и полноценность, хотя до недавнего времени у нее одно из самых низких числа заболеваний, проверенных в Европе. По состоянию на середину 2024 года французские NBS включает только 14 серьезных заболеваний. Недавно французский закон о биоэтике развился, чтобы позволить использовать генетическое тестирование в качестве процедуры первой линии для NBS. В то же время развитие и эффективность геномных методов и быстрое увеличение количества лечащихся редких заболеваний (RDS) поднимают вопросы о приемлемости и актуальности этих геномных методов для NBS и его возможного расширения. Расширение NBS на многие RD раннего начала представляет собой реальную проблему общественного здравоохранения в качестве RDS, 80% из которых имеют генетическое происхождение, составляют 10% смертей в возрасте до 5 лет.

FHU Trvessad разработал проект Perigenomed, крупномасштабный проект, целью которого является оценка актуальности PGS-NBS во Франции (аналитическая и клиническая достоверность, клиническая коммунальная и психосоциальная, этическая и организационная проблема).

PGS-NBS (также известный как в GS на основе панелей Silico, то есть анализ, выполненный полностью с использованием информационных инструментов) состоит из шагов фильтрации биоинформатики, которые возвращают только выбранные варианты и/или редкие варианты из целевых генов, выпущенных из GS. Таким образом, даже если исходные данные поступают из GS, можно настроить конвейер, чтобы вернуть только те вариации, которые, как известно, несут ответственность за конкретные RDS.

Проект перигеном будет проведен в двух шагах. Первый пилотный шаг (исследование Perigenomed-Clinics 1-PGC1), представленное в этом протоколе, направлено на оценку осуществимости и приемлемости PGS-NBS France. Это пилотное исследование планирует просмотреть 2500 новорожденных с использованием PGS-NBS, нацеленных на два списка генов (1, соответствующие вариантам генов, ответственных за лечение редких заболеваний, 2, включая вариацию генов, приводящих к действенным редким заболеваниям). В обоих списках рассматриваются только RDS раннего начала. Исследование PGC1 будет проведено в 5 медицинских центрах во Франции, причем результаты будут возвращены клиницистам менее чем за 4 недели. Это также обеспечит понимание оптимальной информации и аналитических путей, а также возможных организационных последствий PGS-NBS, а также первое понимание обоснованности PGS-NBS и клинического курса новорожденных, а также с положительным результатом, и с подтвержденным RD двумя исследованиями гуманитарных наук и общественных наук (HSS) также будет связано с исследованием PGC1. Первый будет сосредоточен на причинах, приведенных ухудшением и на медицинских и социально-экономических характеристиках (на индивидуальном и контекстуальном уровне) ухудшения по сравнению с участниками. Второй оценит психосоциальное влияние раскрытия результатов на семейства положительных новорожденных, сравнительно негативных.

Эти первоначальные результаты дадут первые результаты до запуска второй более крупной фазы перигеном-клиника 2 (исследование PGC2-22 000 новорожденных), предназначенное для изучения реализации таких PGS-NBS в рутине на региональном уровне.