Badanie pilotażowe w celu oceny wykonalności i akceptowalności nowonarodzonych badań przesiewowych przy użyciu sekwencjonowania solo genomu opartego na panelu krzemowym we Francji (PGC1)

Noworodkowe badania przesiewowe (NBS) oparte na sekwencjonowaniu genomu (GS) są obecnie przedmiotem szczególnej uwagi zarówno na poziomie europejskim, jak i międzynarodowym. W ciągu ostatnich trzech lat kilka publikacji omówiło możliwości i wyzwania związane z wykorzystaniem GS dla NBS. Do tej pory tylko dwa chińskie programy opublikowały swoje wyniki, pierwsze z serii 29 601 zdrowych noworodków, a drugi z serii 10 334 zdrowych noworodków i 668 niemowląt wysokiego ryzyka. Globalnie trwa ponad dwudziestu projektów pilotażowych, chociaż do tej pory żadna nie została zapoczątkowana w kontekście francuskim. W różnych projektach pilotażowych stosuje się różne projekty badań. Większość zdecydowała się na ukierunkowaną analizę opartą na GS na badanie chorób pediatrycznych. Niektóre projekty koncentrują się wyłącznie na chorobach, dla których istnieją skuteczne leki lub interwencje, aby zapobiec lub zmniejszyć objawy. Natomiast inni oferują rodzicom możliwość sprawdzania swoich noworodków pod kątem chorób bez obecnych opcji leczenia, ale na których leczenie jest niedorozwoju lub zainteresowanie wczesnym zarządzaniem, wyborem przeprowadzonym przez większość rodziców. Rzeczywiście, wczesna diagnoza tych chorób może pomóc w wprowadzeniu leczenia lub interwencji, gdy stają się dostępne, aby uczestniczyć w badaniach badawczych dotyczących nowych metod leczenia oraz w celu wczesnego zarządzania i poradnictwa genetycznego.

We Francji krajowy program NBS od dawna jest rozpoznawany na całym świecie ze względu na swoją jakość organizacyjną i kompleksowość, chociaż do niedawna ma jedną z najniższych chorób badanych w Europie. Od połowy 2012 r. Francuskie NBS obejmują tylko 14 poważnych chorób. Niedawno francuskie prawo bioetyki ewoluowało, aby umożliwić zastosowanie testów genetycznych jako procedury pierwszego rzutu NBS. Jednocześnie rozwój i wydajność technik genomowych oraz szybki wzrost liczby leczonych rzadkich chorób (RDS) rodzą pytania dotyczące akceptowalności i znaczenia tych metod genomowych dla NBS i jej możliwego rozszerzenia. Rozszerzenie NBS na wiele RDS wczesnego początku stanowi prawdziwe wyzwanie zdrowia publicznego jako RDS, z których 80% ma genetyczne pochodzenie, co stanowi 10% zgonów przed ukończeniem 5 roku życia.

FHU Translad opracował projekt perygenomowy, projekt na dużą skalę, którego celem jest ocena znaczenia PGS-NBS we Francji (ważność analityczna i kliniczna, użyteczność kliniczna oraz kwestie psychospołeczne, etyczne i organizacyjne).

PGS-NBS (znany również jako GS oparty na panelu krzemowym, tj. Analiza przeprowadzana w całości przy użyciu narzędzi informatycznych) składa się z etapów filtrowania bioinformatycznego, które zwracają tylko wybrane warianty i/lub rzadkie warianty z docelowych genów wydanych z GS. Tak więc, nawet jeśli dane źródłowe pochodzą z GS, możliwe jest skonfigurowanie rurociągu w celu zwrócenia tylko tych wariantów, o których wiadomo, że są odpowiedzialne za określone RDS.

Projekt perygenomu zostanie prowadzony w dwóch krokach. Pierwszy etap pilotażowy (badanie perygenomed-clinics 1-PGC1), przedstawione w tym protokole, ma na celu ocenę wykonalności i akceptowalności PGS-NBS France. To badanie pilotażowe planuje sprawdzić 2500 noworodków przy użyciu PGS-NBS ukierunkowane na dwie listy genów (1 odpowiadające zmiennym genom odpowiedzialnym za leczenie rzadkich chorób, 2, w tym zmienność genów prowadzących do działających rzadkich chorób). Na obu listach rozważane są tylko RDS wczesnego początku. Badanie PGC1 zostanie przeprowadzone w 5 ośrodkach opieki zdrowotnej we Francji, a wyniki zostaną zwrócone do klinicystów w ciągu mniej niż 4 tygodnie. Zapewni to również zrozumienie optymalnych informacji i ścieżek analitycznych, a możliwe reperkusje organizacyjne PGS-NBS, a także pierwszy wgląd w ważność PGS-NBS i badanie kliniczne noworodków wyświetlanych pozytywnie i potwierdzone dwa badania w humanistyce i naukach społecznych (HSS) będą również powiązane z PGC1. Pierwszy skupi się na przyczynach podanych przez spadek oraz na cechach medycznych i społeczno-ekonomicznych (na poziomie indywidualnym i kontekstowym) odmowy w porównaniu z uczestnikami. Drugi oceni psychospołeczny wpływ ujawnienia wyników na rodziny pozytywnych noworodków, stosunkowo negatywnych.

Te początkowe wyniki zapewnią pierwsze wyniki przed uruchomieniem drugiego większego fazowego perygenomed-clinics 2 (badanie PGC2-22 000 noworodków), zaprojektowane do badania wdrażania takich PGS-NBS w rutynie na poziomie regionalnym.