Intérêt de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel dans le diagnostic des infections fongiques

Les infections fongiques invasives sont une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les patients immunodéprimés. Parmi eux, les patients atteints d'hémopathies malignes, les patients neutropéniques, les patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine, les diabétiques, les patients transplantés d'organes solides et les patients admis en unité de soins intensifs sont particulièrement à haut risque.

La survie de ces patients dépend d'un diagnostic précoce et d'un traitement antifongique approprié rapide. Le diagnostic précoce de ces infections est difficile en raison du manque de méthodes de test sensibles, notamment les hémocultures. Sa sensibilité est faible ou proche de zéro pour l'aspergillose. De plus, le délai de réponse est de plusieurs jours. Pour ces raisons, nous avons décidé de développer un test PCR (Polymerase Chain Reaction) en temps réel sur des échantillons de sang. Elle doit permettre une réponse rapide pour établir un diagnostic positif ou négatif d'infection fongique invasive, elle peut contribuer fortement à la décision de traiter par antifongiques, et elle doit contrôler l'efficacité et l'optimisation des prescriptions antifongiques.

Méthodes :

Notre projet est un travail collaboratif interrégional de prospective multicentrique entre les laboratoires mycologiques et parasitologiques de Nice, Rennes et Toulouse. Nos objectifs sont : Premièrement, valider une méthode d'extraction à partir de sang infecté par des espèces de champignons. Les trois laboratoires travailleront ensemble pour déterminer la meilleure méthode d'extraction, car il n'existe pas de méthode consensuelle pour l'extraction des acides nucléiques d'origine fongique dans le cadre des infections humaines. Les nombreuses techniques d'extraction déjà utilisées conduisent à des différences dans les résultats de PCR. Par conséquent, les comparaisons inter-laboratoires ne sont pas faciles. Deuxièmement, nous visons à développer trois tests PCR en temps réel : Un test PCR en temps réel panfongique capable de détecter la plupart des espèces fongiques responsables de maladies humaines ; un test PCR en temps réel ciblant Candida albicans et un ciblant Aspergillus fumigatus qui sont deux agents pathogènes cliniquement importants. Ensuite, des échantillons de sang de patients (classés selon le consensus EORTC) seront prélevés au cours de l'étude afin d'évaluer et de valider notre méthode sur des échantillons cliniques. Les résultats nous permettront de déterminer la sensibilité, la spécificité et la reproductibilité, les valeurs négatives et prédictives.

Objectifs Globalement, notre travail vise à évaluer l'impact clinique de la PCR en temps réel dans le diagnostic précoce des infections fongiques invasives et dans l'initiation ou l'arrêt d'un traitement antifongique. L'impact économique résultant de l'utilisation de cette méthode sera évalué. En effet, une excellente valeur prédictive négative d'un test PCR panfongique en temps réel pourrait justifier une diminution de l'utilisation de la thérapie antifongique empirique