RT-PCR sur échantillons d'urine : valeur ajoutée pour le diagnostic de l'infection par le virus Chikungunya (CHIK_urine)

Objectifs

1. Évaluer la valeur ajoutée de la RT-PCR pour le CHIKV sur des échantillons d'urine pour le diagnostic de l'infection par le CHIKV par rapport aux méthodes de référence.
2. Décrire la cinétique de la RT-PCR pour le CHIKV sur des échantillons d'urine pour diagnostiquer une infection par le CHIKV au fil du temps.

Conception de l'étude, population, matériaux et méthodes :

Étude de cohorte prospective de patients ayant une infection confirmée au CHIKV (RT-PCR pour le CHIKV positif sur le prélèvement au moment de l'inclusion ou séroconversion définie comme test d'anticorps Immunoglobuline M (IgM) anti-CHIKV positif au jour 14), qui fréquentent la clinique externe de l'Institut de Médecine Tropicale d'Anvers et de l'Horacio Oduber Hospitaal d'Aruba dans les 72 heures suivant l'apparition de la fièvre. Après la signature du consentement éclairé, les données cliniques et épidémiologiques seront enregistrées dans un formulaire d'enregistrement de cas standardisé. Des échantillons de sang et d'urine de base seront prélevés au besoin pour l'évaluation clinique de routine du cas individuel ; l'échantillonnage comprendra des tests sérologiques CHIKV sériques, CHIKV E1 (ou test rapide similaire), ainsi que du sérum et de l'urine pour RT-PCR pour CHIKV. Après l'évaluation initiale, les cas suspects de CHIKV sont programmés pour une collecte bihebdomadaire de sérum et d'urine pour RT-PCR pour CHIKV pendant une durée de 2 semaines, puis après 3, 4 et 12 semaines. Le sérum à 4 semaines sera utilisé pour le deuxième test sérologique. Les cas suspects dont le test CHIKV est négatif par RT-PCR sur le sérum seront exclus.

Population d'étude : patients avec une infection CHIKV confirmée Taille de l'échantillon : panel de 20 cas confirmés CHIKV Les proportions des taux de positivité seront testées par le test χ² pour l'égalité des proportions. Les valeurs Ct entre deux types d'échantillons différents (sérum/urine) seront comparées par le calcul du coefficient de corrélation de rang de Spearman (ρ). Les valeurs Ct mesurées seront soustraites (indiquées par ∆Ct) et la moyenne de toutes les valeurs ∆Ct (intervalle de confiance ± 95 %) sera calculée. Rapports conformément aux directives STARD (Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy).

Critères d'évaluation : sensibilité diagnostique de la RT-PCR CHIKV sur des échantillons d'urine chez les patients ayant une infection confirmée par le CHIKV, comparaison de la sensibilité analytique (basée sur les valeurs Ct) avec la RT-PCR sur sérum, taux de positivité des échantillons d'urine RT-PCR au fil du temps : Un consentement éclairé sera obtenu des participants à l'étude. Des données démographiques, géographiques, cliniques et de laboratoire seront obtenues ; les données sont anonymisées et stockées dans une base de données chiffrée (code connu des enquêteurs principaux). Approbation éthique par le comité d'éthique (CE) de l'IMT/Hôpital universitaire d'Anvers (UZA) et le CE d'Aruba.

Résultats attendus et pertinence :

Évaluation de la sensibilité de la RT-PCR sur des échantillons d'urine pour le diagnostic de l'infection par le CHIKV en phase post-virémique en milieu endémique et non endémique. Les avantages possibles de l'utilisation de la PCR sur l'urine par rapport aux tests sérologiques sont :

1. un changement de délai pour diagnostiquer avec précision l'infection par le CHIKV qui pourrait profiter aux voyageurs de retour qui consultent après la phase aiguë.
2. l'utilisation d'échantillons uniques obtenus par des procédures non invasives
3. haute spécificité
4. l'opportunité de typage des souches CHIKV.