RT-PCR an Urinproben: Mehrwert für die Diagnose einer Chikungunya-Virusinfektion (CHIK_urine)

Ziele

1. Bewertung des Mehrwerts der RT-PCR für CHIKV an Urinproben zur Diagnose einer CHIKV-Infektion im Vergleich zu den Referenzmethoden.
2. Beschreibung der Kinetik der RT-PCR für CHIKV in Urinproben zur Diagnose einer CHIKV-Infektion im Laufe der Zeit.

Studiendesign, Population, Materialien und Methoden:

Prospektive Kohortenstudie von Patienten mit einer bestätigten CHIKV-Infektion (positive RT-PCR für CHIKV in der Probe zum Zeitpunkt der Aufnahme oder Serokonversion, definiert als positiver Anti-CHIKV-Immunglobulin-M (IgM)-Antikörpertest an Tag 14), die die Ambulanz besuchen des Instituts für Tropenmedizin in Antwerpen und des Horacio Oduber Hospitaal in Aruba innerhalb von 72 Stunden nach Beginn des Fiebers. Nach Unterzeichnung der Einverständniserklärung werden klinische und epidemiologische Daten in einem standardisierten Fallaufzeichnungsformular aufgezeichnet. Blut- und Urinproben zu Studienbeginn werden nach Bedarf für die routinemäßige klinische Bewertung des Einzelfalls entnommen; Die Probenahme umfasst serologische CHIKV-Tests im Serum, CHIKV E1 (oder einen ähnlichen Schnelltest) sowie Serum und Urin für RT-PCR für CHIKV. Nach der Erstbewertung werden Verdachtsfälle von CHIKV für eine zweiwöchentliche Serum- und Urinsammlung für RT-PCR für CHIKV für eine Dauer von 2 Wochen, dann nach 3, 4 und 12 Wochen geplant. Serum nach 4 Wochen wird für den zweiten serologischen Test verwendet. Verdachtsfälle, die durch RT-PCR im Serum negativ auf CHIKV getestet wurden, werden ausgeschlossen.

Studienpopulation: Patienten mit bestätigter CHIKV-Infektion Stichprobengröße: Gruppe von 20 CHIKV-bestätigten Fällen Datenanalyse und Berichterstattung: Die Prozentsätze positiver Urin-RT-PCR (über verschiedene Zeitpunkte der Dauer der CHIKV-Infektion) werden berechnet. Die Proportionen der Positivitätsraten werden mit dem χ²-Test auf Gleichheit der Proportionen getestet. Ct-Werte zwischen zwei verschiedenen Probentypen (Serum/Urin) werden durch Berechnung des Rangkorrelationskoeffizienten nach Spearman (ρ) verglichen. Die gemessenen Ct-Werte werden subtrahiert (angezeigt durch ∆Ct) und der Mittelwert aller ∆Ct-Werte (± 95 % Konfidenzintervall) wird berechnet. Berichterstattung gemäß den Richtlinien der Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD).

Endpunkte: diagnostische Sensitivität von CHIKV RT-PCR auf Urinproben bei Patienten mit bestätigter CHIKV-Infektion, Vergleich der analytischen Sensitivität (basierend auf Ct-Werten) mit RT-PCR auf Serum, Positivitätsraten von RT-PCR-Urinproben im Laufe der Zeit. Ethische Fragen : Von den Studienteilnehmern wird eine Einverständniserklärung eingeholt. Es werden demografische, geografische, klinische und Labordaten erhoben; die Daten werden anonymisiert und in einer verschlüsselten Datenbank gespeichert (den Projektleitern bekannter Code). Ethische Zulassung durch die Ethikkommission (EK) des ITM/ Universitätsklinikums Antwerpen (UZA) und die EK in Aruba.

Erwartete Ergebnisse und Relevanz:

Bewertung der Empfindlichkeit von RT-PCR an Urinproben zur Diagnose einer CHIKV-Infektion in der postvirämischen Phase sowohl in endemischen als auch in nicht-endemischen Umgebungen. Mögliche Vorteile der Verwendung von PCR im Urin gegenüber serologischen Assays sind:

1. eine Verschiebung des Zeitrahmens für die genaue Diagnose einer CHIKV-Infektion, von der wiederkehrende Reisende profitieren könnten, die nach der akuten Phase konsultieren.
2. die Verwendung einzelner Proben, die durch nicht-invasive Verfahren gewonnen werden
3. hohe Spezifität
4. die Möglichkeit zur Typisierung von CHIKV-Stämmen.