RT-PCR virtsanäytteistä: lisäarvoa Chikungunya-virusinfektion diagnosoinnissa (CHIK_urine)

Tavoitteet

1. Arvioida RT-PCR:n lisäarvoa CHIKV:lle virtsanäytteistä CHIKV-infektion diagnosoimiseksi vertailumenetelmiin verrattuna.
2. Kuvaa RT-PCR:n kinetiikkaa CHIKV:lle virtsanäytteissä CHIKV-infektion diagnosoimiseksi ajan mittaan.

Tutkimussuunnittelu, populaatio, materiaalit ja menetelmät:

Prospektiivinen kohorttitutkimus potilaista, joilla on vahvistettu CHIKV-infektio (positiivinen RT-PCR CHIKV:lle näytteessä sisällyttämishetkellä tai serokonversio, joka määritellään positiiviseksi anti-CHIKV-immunoglobuliini M (IgM) -vasta-ainemääritykseksi päivänä 14), jotka käyvät poliklinikalla Antwerpenin trooppisen lääketieteen instituutin ja Aruban Horacio Oduber Hospitaalin 72 tunnin kuluessa kuumeen alkamisesta. Ilmoitetun suostumuksen allekirjoittamisen jälkeen kliiniset ja epidemiologiset tiedot tallennetaan standardoituun tapaustietolomakkeeseen. Perustason veri- ja virtsanäytteet kerätään tarpeen mukaan yksittäisen tapauksen rutiininomaista kliinistä arviointia varten; näytteenottoon kuuluvat seerumin CHIKV-serologiset määritykset, CHIKV E1 (tai vastaava pikatesti) sekä seerumi ja virtsa RT-PCR:ää varten CHIKV:lle. Alkuarvioinnin jälkeen epäillyille CHIKV-tapauksille suunnitellaan kahdesti viikossa seerumin ja virtsan keräys RT-PCR:ää varten CHIKV:lle 2 viikon ajan, sitten 3, 4 ja 12 viikon kuluttua. Seerumia 4 viikon kohdalla käytetään toisessa serologisessa määrityksessä. Epäillyt tapaukset, joiden CHIKV-testi seerumin RT-PCR:llä on negatiivinen, suljetaan pois.

Tutkimuspopulaatio: potilaat, joilla on vahvistettu CHIKV-infektio Näytteen koko: 20:n CHIKV-vahvistetun tapauksen paneeli Tietojen analysointi ja raportointi: Positiivisten virtsan RT-PCR-prosentit (CHIKV-infektion keston eri aikapisteissä) lasketaan. Positiivisuuksien suhteet testataan χ²-testillä suhteiden yhtäläisyyden suhteen. Kahden eri näytetyypin (seerumi/virtsa) Ct-arvoja verrataan laskemalla Spearmanin rankkorrelaatiokerroin (ρ). Mitatut Ct-arvot vähennetään (ilmaistaan ​​∆Ct) ja lasketaan kaikkien ∆Ct-arvojen keskiarvo (± 95 % luottamusväli). Raportointi Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD) -ohjeiden mukaisesti.

Päätepisteet: CHIKV RT-PCR:n diagnostinen herkkyys virtsanäytteissä potilailla, joilla on vahvistettu CHIKV-infektio, analyyttisen herkkyyden vertailu (Ct-arvojen perusteella) seerumin RT-PCR:ään, RT-PCR-virtsanäytteiden positiivisuusasteet ajan mittaan Eettiset ongelmat : Tutkimukseen osallistujilta hankitaan tietoinen suostumus. Demografiset, maantieteelliset, kliiniset ja laboratoriotiedot saadaan; tiedoista poistetaan tunnistetiedot ja ne tallennetaan koodattuun tietokantaan (päätutkijoiden tuntema koodi). Eettinen hyväksyntä ITM/University Hospital Antwerpenin (UZA) eettisen komitean (EC) ja EY:n kautta Arubassa.

Odotetut tulokset ja osuvuus:

Virtsanäytteiden RT-PCR:n herkkyyden arviointi CHIKV-infektion diagnosoimiseksi post-vireemisessä vaiheessa sekä endeemisissä että ei-endeemisissä olosuhteissa. Mahdollisia etuja PCR:n käytöstä virtsaan verrattuna serologisiin määrityksiin ovat:

1. muutos aikataulussa CHIKV-infektion tarkalle diagnosoimiseksi, mikä voisi hyödyttää palaavia matkustajia, jotka konsultoivat akuutin vaiheen jälkeen.
2. yksittäisten näytteiden käyttö, jotka on saatu noninvasiivisilla menetelmillä
3. korkea spesifisyys
4. mahdollisuus tyypittää CHIKV-kantoja.