RT-PCR su campioni di urina: valore aggiunto per la diagnosi di infezione da virus Chikungunya (CHIK_urine)

Obiettivi

1. Valutare il valore aggiunto di RT-PCR per CHIKV su campioni di urina per la diagnosi di infezione da CHIKV rispetto ai metodi di riferimento.
2. Descrivere la cinetica di RT-PCR per CHIKV su campioni di urina per la diagnosi di infezione da CHIKV nel tempo.

Disegno dello studio, popolazione, materiali e metodi:

Studio prospettico di coorte di pazienti con infezione da CHIKV confermata (RT-PCR positiva per CHIKV sul campione al momento dell'inclusione o sieroconversione definita come test positivo per l'anticorpo anti-CHIKV Immunoglobulin M (IgM) il giorno 14), che frequentano la clinica ambulatoriale dell'Institute of Tropical Medicine di Anversa e dell'Horacio Oduber Hospitaal di Aruba entro 72 ore dall'insorgenza della febbre. Dopo aver firmato il consenso informato, i dati clinici ed epidemiologici saranno registrati in un Case Record Form standardizzato. Saranno raccolti campioni di sangue e urina al basale come richiesto per la valutazione clinica di routine del singolo caso; il campionamento includerà test sierologici CHIKV sierici, CHIKV E1 (o test rapido simile), nonché siero e urina per RT-PCR per CHIKV. Dopo la valutazione iniziale, i casi sospetti di CHIKV sono programmati per la raccolta bisettimanale di siero e urina per RT-PCR per CHIKV per una durata di 2 settimane, quindi dopo 3, 4 e 12 settimane. Il siero a 4 settimane verrà utilizzato per il secondo test sierologico. Saranno esclusi i casi sospetti che risultino negativi per CHIKV mediante RT-PCR su siero.

Popolazione in studio: pazienti con infezione da CHIKV confermata Dimensione del campione: pannello di 20 casi confermati da CHIKV Analisi dei dati e segnalazione: saranno calcolate le percentuali di RT-PCR urinaria positiva (su diversi punti temporali della durata dell'infezione da CHIKV). Le proporzioni dei tassi di positività saranno testate mediante χ²-test per l'uguaglianza delle proporzioni. I valori Ct tra due diversi tipi di campioni (siero/urina) saranno confrontati mediante il calcolo del coefficiente di correlazione per ranghi di Spearman (ρ). I valori Ct misurati verranno sottratti (indicati da ∆Ct) e verrà calcolata la media di tutti i valori ∆Ct (intervallo di confidenza ± 95%). Refertazione secondo le linee guida STARD (Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy).

Endpoint: sensibilità diagnostica di CHIKV RT-PCR su campioni di urina in pazienti con infezione CHIKV confermata, confronto della sensibilità analitica (basata sui valori Ct) con RT-PCR su siero, tassi di positività dei campioni di urina RT-PCR nel tempo : Il consenso informato sarà ottenuto dai partecipanti allo studio. Saranno ottenuti dati demografici, geografici, clinici e di laboratorio; i dati vengono anonimizzati e conservati in un database codificato (codice noto ai principali investigatori). Approvazione etica attraverso il comitato etico (EC) dell'ITM/University Hospital Antwerp (UZA) e l'EC di Aruba.

Risultati attesi e rilevanza :

Valutazione della sensibilità di RT-PCR su campioni di urina per la diagnosi di infezione da CHIKV nella fase post-viremica in contesti sia endemici che non endemici. I possibili vantaggi dell'uso della PCR sulle urine rispetto ai test sierologici sono:

1. uno spostamento dei tempi per una diagnosi accurata dell'infezione da CHIKV che potrebbe avvantaggiare i viaggiatori di ritorno che si consultano dopo la fase acuta.
2. l'uso di campioni singoli ottenuti con procedure non invasive
3. alta specificità
4. l'opportunità di tipizzare i ceppi di CHIKV.