RT-PCR próbek moczu: wartość dodana w diagnostyce zakażenia wirusem Chikungunya (CHIK_urine)

Cele

1. Ocena wartości dodanej RT-PCR dla CHIKV w próbkach moczu do diagnozowania zakażenia CHIKV w porównaniu z metodami referencyjnymi.
2. Opisanie kinetyki RT-PCR dla CHIKV na próbkach moczu do diagnozowania zakażenia CHIKV w czasie.

Projekt badania, populacja, materiały i metody:

Prospektywne badanie kohortowe pacjentów z potwierdzoną infekcją CHIKV (dodatni test RT-PCR dla CHIKV w próbce w momencie włączenia lub serokonwersji definiowany jako dodatni wynik testu na przeciwciała anty-CHIKV Immunoglobulin M (IgM) w dniu 14), zgłaszających się do poradni Instytutu Medycyny Tropikalnej w Antwerpii i Horacio Oduber Hospitaal na Arubie w ciągu 72 godzin od wystąpienia gorączki. Po podpisaniu świadomej zgody dane kliniczne i epidemiologiczne zostaną zapisane w znormalizowanym formularzu dokumentacji przypadku. Wyjściowe próbki krwi i moczu będą pobierane zgodnie z wymogami rutynowej oceny klinicznej indywidualnego przypadku; pobieranie próbek będzie obejmować testy serologiczne CHIKV w surowicy, CHIKV E1 (lub podobny szybki test), jak również surowicę i mocz do RT-PCR w kierunku CHIKV. Po wstępnej ocenie podejrzane przypadki CHIKV są planowane na co dwa tygodnie pobieranie surowicy i moczu do RT-PCR w kierunku CHIKV przez okres 2 tygodni, a następnie po 3, 4 i 12 tygodniach. Surowica po 4 tygodniach zostanie użyta do drugiego testu serologicznego. Podejrzewane przypadki z ujemnym wynikiem testu na obecność CHIKV metodą RT-PCR na surowicy zostaną wykluczone.

Populacja badana: pacjenci z potwierdzonym zakażeniem CHIKV Wielkość próby: panel 20 przypadków potwierdzonych przez CHIKV Analiza danych i raportowanie: Obliczony zostanie odsetek pozytywnych wyników RT-PCR moczu (w różnych punktach czasowych trwania zakażenia CHIKV). Proporcje wskaźników dodatnich zostaną przetestowane za pomocą testu χ² na równość proporcji. Wartości Ct między dwoma różnymi typami próbek (surowica/mocz) zostaną porównane przez obliczenie współczynnika korelacji rang Spearmana (ρ). Zmierzone wartości Ct zostaną odjęte (oznaczone jako ∆Ct) i obliczona zostanie średnia wszystkich wartości ∆Ct (przedział ufności ± 95%). Raportowanie zgodnie z wytycznymi Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD).

Punkty końcowe: czułość diagnostyczna CHIKV RT-PCR na próbkach moczu u pacjentów z potwierdzoną infekcją CHIKV, porównanie czułości analitycznej (na podstawie wartości Ct) z RT-PCR na surowicy, wskaźniki dodatnie próbek moczu RT-PCR w czasie Kwestie etyczne : Świadoma zgoda zostanie uzyskana od uczestników badania. Zostaną uzyskane dane demograficzne, geograficzne, kliniczne i laboratoryjne; dane są pozbawiane elementów umożliwiających identyfikację i przechowywane w zaszyfrowanej bazie danych (kod znany głównym badaczom). Zatwierdzenie etyczne przez Komisję ds. Etyki (EC) ITM/ Szpitala Uniwersyteckiego w Antwerpii (UZA) oraz Komisję Europejską na Arubie.

Oczekiwane wyniki i trafność:

Ocena czułości RT-PCR na próbkach moczu do diagnozowania zakażenia CHIKV w fazie post-wiremicznej zarówno w warunkach endemicznych, jak i nieendemicznych. Możliwe zalety zastosowania PCR w moczu w porównaniu z testami serologicznymi to:

1. przesunięcie w ramach czasowych dokładnego diagnozowania infekcji CHIKV, które może przynieść korzyści powracającym podróżnym, którzy konsultują się po ostrej fazie.
2. wykorzystanie pojedynczych próbek uzyskanych za pomocą nieinwazyjnych procedur
3. wysoka specyficzność
4. możliwość typowania szczepów CHIKV.