RT-PCR på urinprøver: Merværdi til diagnosticering af Chikungunya-virusinfektion (CHIK_urine)

Mål

1. At vurdere merværdien af ​​RT-PCR for CHIKV på urinprøver til diagnosticering af CHIKV-infektion i forhold til referencemetoderne.
2. At beskrive kinetikken af ​​RT-PCR for CHIKV på urinprøver til diagnosticering af CHIKV-infektion over tid.

Undersøgelsesdesign, population, materialer og metoder:

Prospektiv kohorteundersøgelse af patienter med en bekræftet CHIKV-infektion (positiv RT-PCR for CHIKV på prøven på tidspunktet for inklusion eller serokonvertering defineret som positiv anti-CHIKV Immunoglobulin M (IgM) antistofanalyse på dag 14), som går i ambulatoriet af Institut for Tropisk Medicin i Antwerpen og Horacio Oduber Hospitaal på Aruba inden for 72 timer efter feberstart. Efter underskrivelse af informeret samtykke vil kliniske og epidemiologiske data blive registreret i en standardiseret sagsjournal. Baseline blod- og urinprøver vil blive indsamlet efter behov for rutinemæssig klinisk evaluering af det enkelte tilfælde; prøveudtagning vil omfatte serum CHIKV serologiske assays, CHIKV E1 (eller lignende hurtigtest), samt serum og urin til RT-PCR for CHIKV. Efter den indledende evaluering er mistænkte CHIKV-tilfælde planlagt til serum- og urinopsamling hver anden uge til RT-PCR for CHIKV i en varighed på 2 uger, derefter efter 3, 4 og 12 uger. Serum efter 4 uger vil blive brugt til anden serologisk analyse. Mistænkte tilfælde, der tester negativt for CHIKV ved RT-PCR på serum, vil blive udelukket.

Undersøgelsespopulation: patienter med bekræftet CHIKV-infektion Prøvestørrelse: panel på 20 CHIKV-bekræftede tilfælde Dataanalyse og rapportering: Procentdelene af positiv urin RT-PCR (over forskellige tidspunkter for varigheden af ​​CHIKV-infektionen) vil blive beregnet. Andele af positivitetsrater vil blive testet ved hjælp af χ²-test for lighed af proportioner. Ct-værdier mellem to forskellige prøvetyper (serum/urin) vil blive sammenlignet ved beregning af Spearmans rangkorrelationskoefficient (ρ). De målte Ct-værdier vil blive trukket fra (angivet med ∆Ct), og middelværdien af ​​alle ∆Ct-værdier (± 95 % konfidensinterval) vil blive beregnet. Rapportering i overensstemmelse med Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD) retningslinjer.

Endepunkter: diagnostisk sensitivitet af CHIKV RT-PCR på urinprøver hos patienter med en bekræftet CHIKV-infektion, sammenligning af analytisk sensitivitet (baseret på Ct-værdier) med RT-PCR på serum, positivitetsrater for RT-PCR urinprøver over tid Etiske spørgsmål : Informeret samtykke vil blive indhentet fra undersøgelsens deltagere. Demografiske, geografiske, kliniske og laboratoriedata vil blive indhentet; dataene afidentificeres og lagres i en kodet database (kode kendt af hovedefterforskerne). Etisk godkendelse gennem ITM/Universitetshospitalet Antwerpen (UZA) Etikkomité (EC) og EC i Aruba.

Forventede resultater og relevans:

Evaluering af følsomheden af ​​RT-PCR på urinprøver til diagnosticering af CHIKV-infektion i den post-viremiske fase i både endemiske og ikke-endemiske indstillinger. Mulige fordele ved brugen af ​​PCR på urin frem for serologiske analyser er:

1. et skift i tidsramme for nøjagtig diagnosticering af CHIKV-infektion, som kunne gavne tilbagevendende rejsende, der konsulterer efter den akutte fase.
2. brugen af ​​enkeltprøver, der er opnået ved ikke-invasive procedurer
3. høj specificitet
4. mulighed for typning af CHIKV-stammer.