RT-PCR op urinemonsters: toegevoegde waarde voor de diagnose van infectie met het chikungunya-virus (CHIK_urine)

Doelstellingen

1. Beoordelen van de toegevoegde waarde van RT-PCR voor CHIKV op urinemonsters voor de diagnose van CHIKV-infectie in vergelijking met de referentiemethoden.
2. Beschrijven van de kinetiek van RT-PCR voor CHIKV op urinemonsters voor het diagnosticeren van CHIKV-infectie in de loop van de tijd.

Onderzoeksopzet, populatie, materialen en methoden:

Prospectieve cohortstudie van patiënten met een bevestigde CHIKV-infectie (positieve RT-PCR voor CHIKV op het monster op het moment van opname of seroconversie gedefinieerd als positieve anti-CHIKV Immunoglobuline M (IgM) antilichaamtest op dag 14), die de polikliniek bezoeken van het Instituut voor Tropische Geneeskunde in Antwerpen en het Horacio Oduber Hospitaal in Aruba binnen 72 uur na aanvang van de koorts. Na ondertekening van de geïnformeerde toestemming worden klinische en epidemiologische gegevens vastgelegd in een gestandaardiseerd Case Record Form. Baseline bloed- en urinemonsters zullen worden verzameld zoals vereist voor routinematige klinische evaluatie van het individuele geval; bemonstering omvat serum CHIKV-serologische assays, CHIKV E1 (of vergelijkbare snelle test), evenals serum en urine voor RT-PCR voor CHIKV. Na de eerste evaluatie worden vermoedelijke CHIKV-gevallen gepland voor tweewekelijkse serum- en urineverzameling voor RT-PCR voor CHIKV gedurende een periode van 2 weken, daarna na 3, 4 en 12 weken. Serum na 4 weken zal worden gebruikt voor de tweede serologische test. Vermoedelijke gevallen die negatief testen op CHIKV door RT-PCR op serum worden uitgesloten.

Onderzoekspopulatie: patiënten met bevestigde CHIKV-infectie Steekproefgrootte: panel van 20 door CHIKV bevestigde gevallen Gegevensanalyse en rapportage: De percentages positieve urine RT-PCR (over verschillende tijdstippen van de duur van de CHIKV-infectie) worden berekend. Verhoudingen van positiviteitspercentages worden getest door χ²-test voor gelijkheid van verhoudingen. Ct-waarden tussen twee verschillende soorten monsters (serum/urine) zullen worden vergeleken door berekening van de rangcorrelatiecoëfficiënt van Spearman (ρ). De gemeten Ct-waarden worden afgetrokken (aangegeven door ∆Ct) en het gemiddelde van alle ∆Ct-waarden (± 95% betrouwbaarheidsinterval) wordt berekend. Rapportage in overeenstemming met de richtlijnen van Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD).

Eindpunten: diagnostische gevoeligheid van CHIKV RT-PCR op urinemonsters bij patiënten met een bevestigde CHIKV-infectie, vergelijking van analytische gevoeligheid (gebaseerd op Ct-waarden) met RT-PCR op serum, positiviteitspercentages van RT-PCR urinemonsters in de tijd Ethische kwesties : Geïnformeerde toestemming zal worden verkregen van studiedeelnemers. Demografische, geografische, klinische en laboratoriumgegevens zullen worden verkregen; de gegevens worden geanonimiseerd en opgeslagen in een gecodeerde database (code bekend bij de hoofdonderzoekers). Ethische goedkeuring via de Ethische Commissie (EC) van het ITG/ Universitair Ziekenhuis Antwerpen (UZA) en EC op Aruba.

Verwachte resultaten en relevantie:

Evaluatie van de gevoeligheid van RT-PCR op urinemonsters voor het diagnosticeren van CHIKV-infectie in de postviremische fase in zowel endemische als niet-endemische settings. Mogelijke voordelen van het gebruik van PCR op urine ten opzichte van serologische assays zijn:

1. een verschuiving in het tijdsbestek voor het nauwkeurig diagnosticeren van CHIKV-infectie, wat zou kunnen profiteren van terugkerende reizigers die na de acute fase raadplegen.
2. het gebruik van afzonderlijke monsters die zijn verkregen door middel van niet-invasieve procedures
3. hoge specificiteit
4. de mogelijkheid om CHIKV-stammen te typeren.