RT-PCR na vzorcích moči: přidaná hodnota pro diagnostiku infekce virem Chikungunya (CHIK_urine)

Cíle

1. Posoudit přidanou hodnotu RT-PCR pro CHIKV na vzorcích moči pro diagnostiku infekce CHIKV ve srovnání s referenčními metodami.
2. Popsat kinetiku RT-PCR pro CHIKV na vzorcích moči pro diagnostiku infekce CHIKV v průběhu času.

Návrh studie, populace, materiály a metody:

Prospektivní kohortová studie pacientů s potvrzenou infekcí CHIKV (pozitivní RT-PCR na CHIKV na vzorku v době zařazení nebo sérokonverze definovaná jako pozitivní stanovení protilátek proti CHIKV Immunoglobulin M (IgM) 14. den), kteří navštěvují ambulanci Institutu tropické medicíny v Antverpách a Horacio Oduber Hospitaal na Arubě do 72 hodin po nástupu horečky. Po podepsání informovaného souhlasu budou klinická a epidemiologická data zaznamenána do standardizovaného formuláře pro záznam případu. Výchozí vzorky krve a moči budou odebírány podle potřeby pro rutinní klinické hodnocení jednotlivého případu; odběr vzorků bude zahrnovat sérologické testy CHIKV, CHIKV E1 (nebo podobný rychlý test), stejně jako sérum a moč pro RT-PCR pro CHIKV. Po úvodním vyhodnocení jsou suspektní případy CHIKV naplánovány na dvoutýdenní sběr séra a moči pro RT-PCR pro CHIKV po dobu 2 týdnů, poté po 3, 4 a 12 týdnech. Sérum po 4 týdnech bude použito pro druhý sérologický test. Podezřelé případy s negativním testem na CHIKV pomocí RT-PCR na séru budou vyloučeny.

Studijní populace: pacienti s potvrzenou infekcí CHIKV Velikost vzorku: panel 20 potvrzených případů CHIKV Analýza dat a hlášení: Budou vypočtena procenta pozitivní moči RT-PCR (v různých časových bodech trvání infekce CHIKV). Proporce míry pozitivity budou testovány χ²-testem na rovnost proporcí. Hodnoty Ct mezi dvěma různými typy vzorků (sérum/moč) budou porovnány výpočtem Spearmanova koeficientu pořadové korelace (ρ). Naměřené hodnoty Ct budou odečteny (označeno ∆Ct) a bude vypočten průměr všech hodnot ∆Ct (± 95% interval spolehlivosti). Hlášení v souladu s pokyny pro Standardy pro hlášení diagnostické přesnosti (STARD).

Cílové body: diagnostická citlivost CHIKV RT-PCR na vzorcích moči u pacientů s potvrzenou infekcí CHIKV, srovnání analytické citlivosti (na základě hodnot Ct) s RT-PCR na séru, míra pozitivity vzorků moči RT-PCR v průběhu času Etické problémy : Informovaný souhlas bude získán od účastníků studie. Budou získány demografické, geografické, klinické a laboratorní údaje; data jsou deidentifikována a uložena v zakódované databázi (kód známý hlavním řešitelům). Etické schválení prostřednictvím Etického výboru ITM/Univerzitní nemocnice Antverpy (UZA) a EC na Arubě.

Očekávané výsledky a relevance:

Hodnocení citlivosti RT-PCR na vzorcích moči pro diagnostiku infekce CHIKV v postviremické fázi v endemických i neendemických podmínkách. Možné výhody použití PCR na moč oproti sérologickým testům jsou:

1. posun v časovém rámci pro přesnou diagnostiku infekce CHIKV, který by mohl být přínosem pro cestující vracející se po akutní fázi.
2. použití jednotlivých vzorků, které jsou získány neinvazivními postupy
3. vysoká specifičnost
4. příležitost pro typizaci kmenů CHIKV.