Effet du blocage acide sur le microbiote et l'inflammation dans la fibrose kystique (FK)

Les patients atteints de fibrose kystique (FK) ont une morbidité et une mortalité importantes dues aux infections des voies respiratoires. Ces infections sont liées au déficit de clairance mucociliaire dû à des sécrétions déshydratées épaisses. Ainsi, des efforts considérables sont consacrés à la gestion des infections des voies respiratoires. Cela comprend des thérapies pour améliorer la clairance du mucus et des traitements antibiotiques qui ciblent des agents pathogènes importants. Comprendre la source du microbiote des voies respiratoires, le risque accru d'infection et l'exacerbation est essentiel pour améliorer la gestion de l'infection des voies respiratoires. Une grande partie des patients atteints de mucoviscidose sont également traités avec des médicaments anti-acides. Ces médicaments diminuent les symptômes associés au reflux gastro-oesophagien (RGO) et améliorent l'efficacité des traitements enzymatiques substitutifs. Le fait que l'aspiration puisse représenter une voie potentielle d'infection des voies respiratoires par des micro-organismes dans le tractus gastro-intestinal supérieur (GI) et que les traitements anti-acides modifient le microbiote GI est essentiel pour cette proposition. Dans des études préliminaires, nous avons identifié une forte altération du microbiote œsophagien chez les sujets utilisant des médicaments bloquant l'acide. Ainsi, ces traitements peuvent avoir un effet significatif sur les communautés bactériennes présentes dans le tractus gastro-intestinal supérieur et peuvent jouer un rôle dans l'infection et l'exacerbation de la mucoviscidose. Traditionnellement, l'accès au tractus gastro-intestinal supérieur a nécessité une endoscopie pour acquérir un tissu de biopsie, qui est une procédure invasive et non pratiquée de manière routinière dans la mucoviscidose. Pour contourner l'échantillonnage invasif requis pour l'étude de l'œsophage, nous avons récemment montré qu'un test mini-invasif, le test de la corde œsophagienne (EST), est capable d'échantillonner le tractus gastro-intestinal supérieur et a des performances comparables à la biopsie pour un certain nombre de mesures, y compris évaluation du microbiote oesophagien.

L'hypothèse principale de cette proposition est que les médicaments bloquant l'acide altèrent le microbiote œsophagien dans la mucoviscidose, augmentant la présence de bactéries pathogènes et l'inflammation. Pour tester cette hypothèse, nous proposons trois objectifs spécifiques :

Objectif spécifique 1 : Déterminer si la composition microbienne de l'œsophage chez les enfants atteints de mucoviscidose change après le retrait du blocage acide

1. Comparaison de la charge bactérienne œsophagienne par qPCR 16S chez des sujets sous blocus acide et après sevrage
2. Examiner la stabilité des communautés bactériennes oesophagiennes sur la base de la collecte longitudinale du test de corde oesophagienne (EST) avant le retrait du traitement de blocage acide.
3. Déterminez s'il y a des changements après le retrait du blocus acide dans la composition du microbiote des expectorations et du microbiote œsophagien (y compris la présence de bactéries pathogènes) et si les changements sont corrélés entre les deux types d'échantillons.

Objectif spécifique 2 : Déterminer si le microbiote œsophagien chez les enfants atteints de mucoviscidose change après le début du blocage acide chez les patients démarrés pour des indications cliniques

1. Comparaison de la charge bactérienne œsophagienne par qPCR 16S des bactéries œsophagiennes chez les sujets avant et après le traitement par blocage acide.
2. Examiner la stabilité des communautés bactériennes œsophagiennes sur la base de la collecte longitudinale du test de chaîne œsophagienne (EST) avant le début du traitement par blocage acide.
3. Déterminez s'il y a des changements après le début du blocage acide dans la composition du microbiote des expectorations et du microbiote œsophagien (y compris la présence de bactéries pathogènes) et si les changements sont corrélés entre les deux types d'échantillons.

Objectif spécifique 3 : Examiner la relation entre les médicaments contre l'acidité et l'inflammation en association avec les communautés bactériennes chez les sujets des objectifs 1 et 2

1. CompareIL-8 dans l'œsophage chez des sujets avec et sans blocage acide
2. Comparez l'IL-8 dans les expectorations chez les sujets avec et sans blocage acide et déterminez la relation entre l'inflammation et l'association avec les changements dans les communautés bactériennes.

Ensemble, ces objectifs fourniront de nouvelles informations concernant l'impact du traitement par blocus acide sur le microbiote œsophagien et pulmonaire qui peuvent avoir un impact sur la gestion des maladies respiratoires dans la mucoviscidose. Nous prévoyons des effets similaires du blocus acide sur les communautés bactériennes œsophagiennes que nous avons observés chez les sujets pédiatriques et adultes non FK, mais reconnaissons que la charge de traitement dans la FK, en particulier les antibiotiques, peut affecter le résultat attendu. Ces données fourniront des informations essentielles pour évaluer l'effet du blocage de l'acide sur le risque d'infection, ce qui pourrait affecter les choix thérapeutiques pour les patients atteints de mucoviscidose. L'objectif à long terme de ces études est d'améliorer la prise en charge des patients en évaluant l'effet de la thérapie anti-acide sur le microbiote et l'inflammation.