NIPD du CFTC par WGA couplé au séquençage du mini-exome (DIAFEXOME)

Contexte:

Le diagnostic prénatal non invasif (DPNI), basé sur l'analyse de l'ADN fœtal acellulaire circulant (ADNcff) est très prometteur pour le diagnostic précoce des maladies monogéniques. Une telle approche est une alternative plus sûre aux méthodes invasives de dépistage prénatal (amniocentèse ou choriocentèse) qui entraîne un risque important de fausse couche (0,5 % à 1 %). Cependant, des problèmes techniques liés aux caractéristiques de l'ADN cff subsistent et les techniques NIPD nécessitent un long développement de processus spécifiques à un gène et / ou à une mutation particulière.

Objectifs:

L'objectif de cette étude est de compléter notre offre de NIPD en développant une approche sur Cellules Fœtales Trophoblastiques Circulantes (CFTC) isolées adaptée à l'analyse des gènes et mutations impliqués dans les demandes actuelles de dépistage prénatal.

Méthodologie :

Le sang des femmes enceintes à partir de 9 semaines de gestation pour lesquelles un test prénatal est demandé sera prélevé.

L'isolement du CFTC à l'aide de systèmes d'enrichissement en cellules tumorales circulantes (CTC) sera suivi d'une amplification du génome entier couplée à un séquençage de mini-exome et à un filtrage bioinformatique qui sera spécifique à l'indication du test prénatal.

L'étude se déroulera en 2 étapes :

• validation analytique de la méthode par l'étude de la qualité des données de séquençage des gènes ciblés qui font fréquemment l'objet de tests prénataux (voir liste des maladies à test prénatal de « ABM DPN 2014 » en annexe 2).
• évaluation clinique de la méthode en vérifiant la concordance entre les résultats obtenus par notre nouvelle approche versus ceux obtenus par procédure standard (amniocentèse ou choriocentèse) pour 15 femmes enceintes.

Résultats attendus et perspectives :

Le but de cette étude est d'établir la preuve de concept d'une méthode NIPD semi-universelle basée sur un simple test sanguin maternel qui pourrait être appliquée sur la plupart des maladies rares nécessitant un test prénatal.

Cette approche NIPD réduirait le nombre de procédures invasives et éliminerait ainsi le risque de fausse couche due à l'amniocentèse ou à la choriocentèse. Cela permettrait également un accès national à ce test NIPD pour un large éventail de maladies rares.