Signatures du microenvironnement tissulaire du granulome du mycétome

Le mycétome est une maladie inflammatoire chronique, spécifique, granulomateuse sous-cutanée, progressive et défigurante. Elle est causée par de vrais champignons ou par certaines bactéries et est donc généralement classée respectivement en eumycétome et actinomycétome. Madurella mycetomatis est l'agent causal le plus courant de l'eumycétome, tandis que Streptomyces somaliensis et Nocardia brasiliensis sont les organismes responsables de l'actinomycétome. La triade masse sous-cutanée indolore, formation de sinus et écoulement purulent ou séro-purulent contenant des grains est pathognomonique du mycétome. Le granulome sous-cutané inflammatoire se propage généralement pour impliquer la peau et les structures profondes, entraînant une destruction, une déformation et une perte de fonction, parfois il peut être fatal. Le pied et la main sont les sites les plus fréquemment atteints vus dans 82% des cas. Dans les zones d'endémie, d'autres parties du corps peuvent être atteintes telles que le genou, le bras, la jambe, la tête et le cou, la cuisse et le périnée. Aucun âge n'est exempté dans le mycétome; cependant, il survient plus fréquemment chez les jeunes hommes adultes âgés de 20 à 40 ans et près de 30 % des patients signalés étaient de jeunes étudiants.

L'incidence et la prévalence réelles du mycétome dans le monde ne sont pas connues avec précision. Il est intéressant de noter que la plupart des données rapportées sur le mycétome concernent des patients hospitalisés atteints d'une maladie avancée. Ceci est attribué à la nature du mycétome qui est généralement indolore, à progression lente et à la présentation tardive de la majorité des patients en raison de la mauvaise éducation sanitaire, du manque d'établissements de santé et des contraintes financières.

La distribution mondiale du mycétome varie considérablement. Il est endémique dans de nombreuses régions tropicales et subtropicales et prévaut dans la ceinture de mycétomes, qui comprend les pays du Soudan, de la Somalie, du Sénégal, de l'Inde, du Yémen, du Mexique, du Venezuela, de la Colombie, de l'Argentine et de quelques autres. Le continent africain semble avoir le fardeau et la prévalence de la maladie les plus élevés. Il a également été largement signalé en Inde. Cependant, des mycétomes ont également été signalés dans de nombreuses régions tempérées. Il existe quelques rapports sur le mycétome aux États-Unis, au Sri Lanka, en Allemagne, en Égypte, en Turquie, aux Philippines, au Japon, au Liban, en Thaïlande, en Arabie saoudite, en Tunisie et en Iran.

Le traitement approprié du mycétome dépend principalement d'un diagnostic précis. Il est essentiel d'identifier l'organisme responsable au niveau de l'espèce et les tests actuels pour cela sont la culture classique des grains, l'examen histopathologique par biopsie chirurgicale et diverses techniques moléculaires telles que la PCR. Diverses techniques d'imagerie telles que la radiologie conventionnelle, l'échographie, la tomodensitométrie et l'IRM sont utilisées pour déterminer l'étendue de la maladie. La plupart de ces tests et techniques sont invasifs, coûteux et de faible sensibilité et spécificité. De plus, ils ne sont pas disponibles dans les régions endémiques du mycétome et il existe donc un besoin désespéré d'un test facile à utiliser et adapté au terrain pour identifier l'agent causal.

La prise en charge de cette maladie angoissante et dévastatrice est décevante. Le traitement dépend principalement de l'agent étiologique, du siège et de l'étendue de la maladie. Jusqu'à récemment, le seul traitement disponible pour le mycétome était l'amputation ou de multiples excisions chirurgicales mutilantes et défigurantes. Le traitement médical combiné sous forme d'antifongiques pour l'eumycétome et d'antibiotiques et d'agents antimicrobiens pour l'actinomycétome et diverses excisions chirurgicales est le traitement de référence du mycétome.

Les rapports sur le traitement médical de l'eumycétome sont rares et inadéquats. Au fil des ans et jusqu'à présent, le traitement de l'eumycétome était basé sur l'expérience clinique personnelle et sur les résultats de rapports de cas sporadiques, plutôt que sur des essais cliniques contrôlés. En général, les excisions chirurgicales massives ou l'amputation de la partie affectée constituent le traitement de choix de l'eumycétome. Divers agents antifongiques ont été essayés avec peu de succès. Ceci est peut-être surprenant, car les agents responsables de l'eumycétome sont des organismes infectieux de bas grade et leur éradication devrait être facilement obtenue par l'administration de médicaments antifongiques. Généralement, l'actinomycétome se prête à un traitement médical avec des antibiotiques et d'autres agents chimiothérapeutiques. La thérapie médicamenteuse combinée est toujours préférée à un seul médicament pour éviter la résistance aux médicaments et pour l'éradication de la maladie.

Le traitement médical des deux types de mycétomes doit se poursuivre jusqu'à la guérison clinique, radiologique, échographique et cytologique du patient. La récidive est plus fréquente après un traitement médical incomplet ou irrégulier. En cas de non-observance du patient, il y a de fortes chances que l'organisme développe une résistance aux médicaments.

L'étude a été menée à la clinique Mycetoma du Mycetoma Research Center (MRC), Khartoum Soudan. Les patients ont été recrutés dans l'étude après avoir obtenu un consentement éclairé écrit conformément à la Déclaration d'Helsinki.

Les patients ont été classés en trois groupes ;

• Patients présentant des lésions d'eumycétome (n = 10)
• Patients présentant des lésions d'actinomycétome (n=12)
• Patients présentant des lésions de cause inconnue (n=6)

La fixation au formol et l'inclusion de paraffine ont été réalisées au CRM selon les procédures standard.

Des aspirations à l'aiguille fine (FNA) ont été recueillies pour la cytométrie en flux en même temps et au même endroit de la lésion dans le corps.

Les aspirations ont été congelées à -80°C pour une analyse future. Parallèlement, 15 ml de sang ont été prélevés sur chaque patient pour des tests de fonction immunologique.

Les cellules mononucléaires du sang périphérique ont été préparées en utilisant des protocoles standard et stockées dans de l'azote liquide jusqu'à ce que cela soit nécessaire.

5 ml de sang ont été prélevés dans des tubes Paxgene pour analyse transcriptomique.

Immunohistochimie L'immunohistochimie a été réalisée à l'Université de York, au Royaume-Uni. Les coupes incluses dans la paraffine fixée au formol (FFPE) ont été analysées à l'aide du panel de profilage Nanostring PanCancer Immune Cell de 700 gènes pour obtenir une vue de haut niveau de la signature immunitaire/inflammatoire.

Des sections en série ont été soumises à une coloration d'anticorps hautement multiplexée à l'aide du système de profilage spatial numérique Nanostring pour obtenir un aperçu complet et spatialement résolu du microenvironnement de la lésion.

Les cibles pan-mycétomes candidates identifiées par ces approches ont été confirmées à l'aide d'anticorps immunofluorescents et d'une hybridation in situ ARN-fluorescent.

Toutes les données ont été enregistrées sous forme d'images de diapositives entières numérisées pour publication et archivage.

Réponses des lymphocytes T spécifiques à l'antigène L'analyse des réponses des lymphocytes T a été réalisée à l'Institut des maladies endémiques de l'Université de Khartoum.

Les cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) des patients et des témoins sains appariés selon l'âge et le sexe de la zone d'endémie ont été stimulées pendant 7 jours avec des lysats fongiques et bactériens. Les réponses IFN, IL-17, IL-4 et IL-10 ont été déterminées par dosage ELISPOT.

La cytométrie en flux sur les FNB a été réalisée avec des panels d'anticorps pour évaluer le phénotype des cellules T et des cellules myéloïdes.

Transcriptomique du sang total Le sang a été collecté dans Paxgene et stocké à - 80 °C. L'ARN a été extrait des échantillons stockés. Les données transcriptomiques complètes du sang total ont été obtenues par RNA-Seq.

Les mesures de cytokines dans les aspirations de mycétome ont été effectuées à l'aide de kits ELISA disponibles dans le commerce.