Thérapies avancées pour les métastases hépatiques (LiMeT)

Contexte et justification - Le CCR et la PDAC sont respectivement la deuxième et la quatrième cause de décès par cancer. Les patients touchés par ces cancers meurent de MTS hépatique. Les thérapies conventionnelles sont actives dans les deux tumeurs primaires mais échouent dans la maladie métastatique. L'efficacité de l'immunothérapie par blocage des points de contrôle immunitaire et de la thérapie cellulaire adoptive avec des lymphocytes T spécifiques de la tumeur n'est que partielle ou temporaire dans le SMT des tumeurs solides, en raison de mécanismes immunosuppresseurs locaux. Ceci est particulièrement pertinent pour le MTS hépatique, dans lequel un milieu tolérogène naturel peut encore soutenir l'immunosuppression induite par les cellules cancéreuses et les cellules immunitaires infiltrantes, telles que les macrophages associés aux tumeurs (TAM), les cellules suppressives dérivées de myéloïdes (MDSC), les neutrophiles et les T régulateurs. ou cellules B.

À cet égard, les preuves suggèrent que la progression du CCR primaire ou métastatique est corrélée à une mauvaise infiltration immunitaire et à une inflammation. De plus, nos résultats publiés dans le PDAC primaire soutiennent une corrélation entre la progression tumorale et une forte signature anti-inflammatoire/immunosuppressive de type 2. L'efficacité de la chimiothérapie est connue pour reposer également sur la réactivation et/ou la repolarisation des réponses immunitaires ciblant la tumeur. La chimiothérapie pré-chirurgicale peut induire des effets bénéfiques et des changements potentiellement ciblables dans le profil immunitaire du CCR ou du PDAC MTS.

Les chercheurs émettent l'hypothèse qu'une combinaison de : i) destruction directe des cellules cancéreuses par des cellules T spécifiques de la tumeur transférées de manière adoptive et ii) contrôle indirect de la progression tumorale via la reprogrammation du microenvironnement tumoral contrôlerait le MTS hépatique du CRC et du PDAC.

Ainsi, les chercheurs proposent une caractérisation approfondie du milieu métastatique dans ces deux types de cancers pour façonner rationnellement, sur la base des similitudes et des différences, des ATMP innovants.

Les résultats expérimentaux obtenus à partir d'échantillons biologiques seront corrélés : i) avec les données cliniques des patients au moment de l'inscription et tout au long de leur suivi ; et ii) pour un sous-groupe de patients, avec des données biochimiques et immunologiques provenant d'échantillons de sang périphérique collectés en routine dans le cadre de leur suivi clinique, dans le but supplémentaire d'identifier de nouveaux paramètres biologiques et/ou signatures pour aider à la stratification des patients et l'adaptation des traitements.

Objectifs - Les enquêteurs veulent étudier :

1. la charge mutationnelle tumorale et la composition du microenvironnement tumoral métastatique dans le foie ;
2. les voies inhibitrices qui limitent l'immunité dans le MTS hépatique ;
3. l'ampleur antigénique et clonale des réponses anti-tumorales des lymphocytes T ;
4. les variations spatio-temporelles des cellules immunitaires effectrices et régulatrices lors de la thérapie ;
5. les caractéristiques des cellules tumorales et leur microenvironnement dans le MTS hépatique versus (vs) tumeur primaire ;
6. les variations longitudinales des paramètres cliniques ainsi que des marqueurs sanguins biologiques et immunologiques lors du suivi médical des patients.
7. De plus, ils veulent collecter et biobanquer des échantillons de patients pour soutenir la validation et la sélection des nouveaux MTI développés par les autres partenaires du programme translationnel.

Les objectifs premiers seront :

1. identifier les voies immunosuppressives/d'épuisement
2. développer une bibliothèque de TCR spécifiques à la tumeur (N≥5/type de tumeur) et identifier de nouvelles cibles CAR (N≥1/type de tumeur) dans le CRC et le PDAC MTS

Conception de l'étude - Ce protocole clinique vise à caractériser en profondeur les cellules tumorales MTS et leur microenvironnement, y compris les modifications dynamiques éventuellement informatives des profils pro-tumoraux aux profils anti-tumoraux qui peuvent suivre la chimiothérapie, qui est administrée avant la chirurgie (néo-adjuvant) à un nombre substantiel fraction de malades. Les patients PDAC et CRC MTS seront donc caractérisés par des enquêtes transversales ou longitudinales sur des patients naïfs de chimiothérapie vs patients traités.

De plus, les chercheurs visent à comparer le MTS hépatique à la tumeur primaire, afin de mettre en évidence des modifications qualitatives dynamiques dans les cellules cancéreuses, les infiltrats immunitaires et le microenvironnement non immun qui pourraient faciliter la progression de la maladie vers une propagation métastatique. Ces modifications peuvent offrir une fenêtre d'opportunité pour l'application optimale de nos MTI. À cette fin, les patients PDAC primaires non métastatiques subissant une résection chirurgicale seront inscrits dans cette étude et suivis pour surveiller le développement du MTS hépatique métachrone, qui, dans la mesure du possible, sera caractérisé et comparé à leur apparié/non apparié, précédemment prélevés, échantillons de tumeurs primaires. Des échantillons de sang périphérique au moment du diagnostic de MTS hépatique seront également prélevés et analysés. De plus, chez les patients CRC MTS subissant une résection synchrone du CCR primaire et du MTS hépatique, des analyses comparatives seront effectuées sur la tumeur des deux sites, permettant un profilage intra- et inter-patient des deux niches tumorales.

De plus, les résultats des analyses de recherche à plusieurs niveaux seront corrélés avec les données cliniques recueillies auprès de tous les patients au moment de l'inscription à l'étude et au cours de leur suivi clinique, dans la mesure du possible jusqu'à 2 ans, en tenant compte des patients PDAC, et 3 ans , compte tenu du CRC.

En particulier, pour les patients atteints de CCR métastatique, le suivi clinique sera associé à la collecte simultanée d'échantillons de sang à des moments en série, qui seront prospectivement biobanqués pour des analyses ultérieures visant à : i) étudier les corrélats biologiques et immunologiques de l'état clinique du patient ; ii) évaluer les principaux discriminants précédemment identifiés dans les échantillons de sang analysés au moment de la chirurgie hépatique MTS, pour servir de prédicteurs précoces de la progression ou de la récidive hépatique et éventuellement comme indicateurs de stratification thérapeutique.

Les enquêteurs s'attendent à recueillir des échantillons de tissus/sang et des données cliniques d'au moins :

• 200 patients atteints de CCR métastatique (synchrone ou métachrone) ;
• 150 patients PDAC non métastatiques ;
• 75 patients PDAC MTS synchrones et environ 20 patients PDAC MTS métachrones, ces derniers initialement inscrits en tant que patients primaires non métastatiques pour l'étude longitudinale, pour un total de 95 patients PDAC métastatiques ;
• 30 volontaires sains, comme témoins négatifs.

Différents échantillons biologiques (sang périphérique, tissu tumoral primaire et/ou métastatique, sang portal) seront collectés, au cours de la prise en charge diagnostique et thérapeutique standard de ces patients, et seront en partie directement analysés et en partie biobanqués pour des études ultérieures . En parallèle, des données cliniques seront recueillies auprès des patients au moment de l'inscription à l'étude et, dans la mesure du possible, pour une période de suivi allant jusqu'à 2 ans, pour les patients PDAC, et 3 ans, pour les patients CCR.

L'analyse statistique des données recueillies sera effectuée tout au long de l'étude clinique, à partir de 6 mois après l'inscription du premier patient jusqu'à 6 mois après la fin du suivi des patients, pour un total de 7 ans. L'étude durera 7 ans.

Différents échantillons biologiques (sang périphérique, tissu tumoral primaire et/ou métastatique, sang portal) seront collectés, au cours de la prise en charge diagnostique et thérapeutique standard de ces patients, et seront en partie directement analysés et en partie biobanqués pour des études ultérieures . En parallèle, des données cliniques seront recueillies auprès des patients depuis leur inscription à l'étude pour une période de suivi de 2 ans, pour les patients PDAC, et de 3 ans, pour les patients CCR.

L'analyse statistique des données cliniques et expérimentales collectées sera effectuée tout au long de la durée de l'étude clinique, à partir de 6 mois après l'inscription du premier patient jusqu'à la fin du suivi des patients, pour un total de 7 ans. L'étude durera 7 ans.

Les activités de recherche seront organisées et intégrées en 6 lots de travail (WP) :

1. Collecte et biobanque du matériel des patients atteints de CCR et PDAC MTS au foie et avec PDAC primaire non métastatique résécable.
2. Définition de la charge mutationnelle tumorale, du profil d'expression épigénétique et génique du foie métastatique CRC et PDAC au niveau de la masse et au niveau de la cellule unique.
3. Evaluation de la composition moléculaire et cellulaire du CRC et, si possible, du PDAC foie MTS par les technologies de transcriptomique spatiale (NICHE-seq et Visium).
4. Caractérisation des paysages immunitaires du CRC et, si possible, du MTS hépatique PDAC par cytométrie en flux à haute dimension.
5. Validation des résultats moléculaires obtenus en 2) et 4).
6. Définition du paysage antigénique et du répertoire TCR des MTS hépatiques CRC et PDAC.

Les résultats obtenus par les WP mentionnés ci-dessus seront croisés avec les données de suivi clinique et serviront à calibrer les activités du programme axées sur le développement de nouveaux MTI.