Zaawansowane terapie przerzutów do wątroby (LiMeT)

Tło i uzasadnienie – CRC i PDAC są odpowiednio drugą i czwartą najczęstszą przyczyną zgonów z powodu raka. Pacjenci dotknięci tymi nowotworami umierają na MTS wątroby. Konwencjonalne terapie są skuteczne w przypadku guzów pierwotnych, ale zawodzą w chorobie przerzutowej. Skuteczność immunoterapii poprzez blokadę immunologicznego punktu kontrolnego i terapię komórkami adopcyjnymi komórkami T specyficznymi dla nowotworu jest tylko częściowa lub tymczasowa w MTS z guzów litych, z powodu lokalnych mechanizmów immunosupresyjnych. Jest to szczególnie istotne w przypadku MTS wątroby, w którym naturalne środowisko tolerogenne może dalej podtrzymywać immunosupresję indukowaną przez komórki rakowe i infiltrujące komórki odpornościowe, takie jak makrofagi związane z nowotworem (TAM), komórki supresorowe pochodzenia mieloidalnego (MDSC), neutrofile i regulatorowe T. lub komórki B.

W tym względzie dowody sugerują, że progresja pierwotnego lub przerzutowego CRC koreluje ze słabym naciekiem immunologicznym i stanem zapalnym. Co więcej, nasze opublikowane wyniki dotyczące pierwotnego PDAC potwierdzają korelację między progresją nowotworu a silną sygnaturą przeciwzapalną / immunosupresyjną typu 2. Wiadomo, że skuteczność chemioterapii zależy również od reaktywacji i/lub repolaryzacji odpowiedzi immunologicznych ukierunkowanych na nowotwór. Chemioterapia przedoperacyjna może wywoływać korzystne efekty i potencjalnie możliwe do ukierunkowania zmiany w profilu immunologicznym CRC lub PDAC MTS.

Badacze wysuwają hipotezę, że połączenie: i) bezpośredniego zabijania komórek nowotworowych przez adoptywnie przeniesione limfocyty T specyficzne dla nowotworu oraz ii) pośredniej kontroli progresji nowotworu poprzez przeprogramowanie mikrośrodowiska guza kontrolowałoby wątrobowy MTS CRC i PDAC.

Dlatego badacze proponują dokładną charakterystykę środowiska przerzutowego w tych dwóch typach raka, aby racjonalnie ukształtować, na podstawie podobieństw i różnic, innowacyjne ATMP.

Wyniki eksperymentalne uzyskane z próbek biologicznych zostaną skorelowane: i) z danymi klinicznymi od pacjentów w momencie rekrutacji i podczas ich obserwacji; oraz ii) dla podgrupy pacjentów, z danymi biochemicznymi i immunologicznymi z próbek krwi obwodowej rutynowo pobieranymi w ramach obserwacji klinicznej, z dodatkowym celem identyfikacji nowych parametrów biologicznych i/lub sygnatur, aby pomóc w stratyfikacji pacjentów i dopasowywanie zabiegów.

Cele — Badacze chcą zbadać:

1. obciążenie mutacyjne guza i skład mikrośrodowiska guza przerzutowego w wątrobie;
2. szlaki hamujące, które ograniczają odporność w MTS wątroby;
3. antygenowy i klonalny zakres odpowiedzi przeciwnowotworowych komórek T;
4. przestrzenno-czasowe zmiany efektorowych i regulatorowych komórek odpornościowych podczas terapii;
5. charakterystyka komórek nowotworowych i ich mikrośrodowiska w MTS wątroby a (vs) guz pierwotny;
6. podłużne zmiany parametrów klinicznych oraz markerów biologicznych i immunologicznych pochodzących z krwi podczas obserwacji medycznej pacjentów.
7. Ponadto chcą gromadzić i biobankować próbki pacjentów, aby wesprzeć walidację i selekcję nowych ATMP opracowanych przez innych partnerów programu translacyjnego.

Głównymi celami będą:

1. w celu zidentyfikowania szlaków immunosupresyjnych/wyczerpania
2. opracowanie biblioteki specyficznych dla nowotworu TCR (N≥5/typ guza) i zidentyfikowanie nowych celów CAR (N≥1/typ guza) w CRC i PDAC MTS

Projekt badania — ten protokół kliniczny ma na celu dogłębne scharakteryzowanie komórek nowotworowych MTS i ich mikrośrodowiska, w tym możliwie pouczające dynamiczne modyfikacje od profili pronowotworowych do frakcja pacjentów. Pacjenci z PDAC i CRC MTS będą zatem scharakteryzowani za pomocą badań przekrojowych lub podłużnych na pacjentach nieleczonych wcześniej chemioterapią w porównaniu z pacjentami leczonymi.

Ponadto badacze mają na celu porównanie MTS wątroby z guzem pierwotnym, aby podkreślić dynamiczne modyfikacje jakościowe w komórkach nowotworowych, nacieki immunologiczne i nieimmunologiczne mikrośrodowisko, które mogą ułatwiać postęp choroby w kierunku rozprzestrzeniania się przerzutów. Te modyfikacje mogą dać szansę na optymalne zastosowanie naszych ATMP. W tym celu pacjenci z pierwotnym PDAC bez przerzutów poddawani resekcji chirurgicznej zostaną włączeni do tego badania i poddani obserwacji w celu monitorowania rozwoju metachronicznego MTS w wątrobie, który w miarę możliwości zostanie scharakteryzowany i porównany z ich dopasowanymi/niedopasowanymi, poprzednio zebrane próbki guza pierwotnego. Pobrane i przeanalizowane zostaną również próbki krwi obwodowej w czasie diagnozy MTS wątroby. Ponadto u pacjentów z CRC MTS poddawanych synchronicznej resekcji pierwotnego CRC i MTS wątroby zostaną przeprowadzone analizy porównawcze guza z obu miejsc, co pozwoli na wewnątrz- i międzyosobnicze profilowanie obu nisz nowotworowych.

Ponadto wyniki wielopoziomowych analiz badawczych zostaną skorelowane z danymi klinicznymi zebranymi od wszystkich pacjentów w momencie włączenia do badania oraz podczas ich obserwacji klinicznej, w miarę możliwości do 2 lat, w przypadku pacjentów z PDAC, oraz 3 lat , biorąc pod uwagę CRC.

W szczególności w przypadku pacjentów z CRC z przerzutami, obserwacja kliniczna będzie związana z równoczesnym pobieraniem próbek krwi w kolejnych punktach czasowych, które będą prospektywnie gromadzone w biobankach do dalszych analiz mających na celu: i) badanie biologicznych i immunologicznych korelatów stanu klinicznego pacjenta; ii) ocena kluczowych wyróżników zidentyfikowanych wcześniej w próbkach krwi analizowanych podczas operacji MTS wątroby, aby służyły jako wczesne predyktory progresji lub nawrotu choroby wątroby i prawdopodobnie jako wskaźniki stratyfikacji terapeutycznej.

Badacze spodziewają się zebrać próbki tkanek/krwi i dane kliniczne z co najmniej:

• 200 pacjentów z CRC z przerzutami (synchronicznymi lub metachronicznymi);
• 150 pacjentów z PDAC bez przerzutów;
• 75 pacjentów z synchronicznym PDAC MTS i około 20 pacjentów z metachronicznym PDAC MTS, tych ostatnich pierwotnie włączonych do badania podłużnego jako pacjentów pierwotnych bez przerzutów, w sumie 95 pacjentów z PDAC z przerzutami;
• 30 zdrowych ochotników jako kontrole negatywne.

Różne próbki biologiczne (krew obwodowa, tkanka guza pierwotnego i/lub przerzutowego, krew wrotna) będą pobierane w ramach standardowej opieki diagnostycznej i terapeutycznej tych pacjentów i będą częściowo bezpośrednio analizowane, a częściowo biobankowane do dalszych badań . Równolegle dane kliniczne będą zbierane od pacjentów w momencie włączenia do badania i, jeśli to możliwe, przez okres obserwacji do 2 lat w przypadku pacjentów z PDAC i 3 lat w przypadku pacjentów z CRC.

Analiza statystyczna zebranych danych będzie prowadzona przez cały okres badania klinicznego, począwszy od 6 miesięcy po włączeniu pierwszego pacjenta do 6 miesięcy po zakończeniu obserwacji pacjentów, łącznie przez 7 lat. Nauka potrwa 7 lat.

Różne próbki biologiczne (krew obwodowa, tkanka guza pierwotnego i/lub przerzutowego, krew wrotna) będą pobierane w ramach standardowej opieki diagnostycznej i terapeutycznej tych pacjentów i będą częściowo bezpośrednio analizowane, a częściowo biobankowane do dalszych badań . Równolegle dane kliniczne będą zbierane od pacjentów od momentu włączenia do badania przez okres obserwacji wynoszący 2 lata dla pacjentów z PDAC i 3 lata dla pacjentów z CRC.

Analiza statystyczna zebranych danych klinicznych i eksperymentalnych będzie prowadzona przez cały czas trwania badania klinicznego, począwszy od 6 miesięcy po włączeniu pierwszego pacjenta do końca obserwacji pacjentów, łącznie przez 7 lat. Nauka potrwa 7 lat.

Działania badawcze zostaną zorganizowane i zintegrowane w ramach 6 pakietów roboczych (WP):

1. Gromadzenie i biobankowanie materiału od pacjentów z CRC i PDAC MTS do wątroby oraz z pierwotnym resekcyjnym PDAC bez przerzutów.
2. Definicja obciążenia mutacją nowotworu, profilu epigenetycznego i ekspresji genów w wątrobie z przerzutami CRC i PDAC w masie i na poziomie pojedynczej komórki.
3. Ocena składu molekularnego i komórkowego CRC oraz, jeśli to możliwe, wątrobowego PDAC MTS za pomocą technologii transkryptomiki przestrzennej (NICHE-seq i Visium).
4. Charakterystyka krajobrazów immunologicznych CRC i, jeśli to możliwe, MTS wątroby PDAC za pomocą wysokowymiarowej cytometrii przepływowej.
5. Walidacja wyników molekularnych uzyskanych w 2) i 4).
6. Definicja krajobrazu antygenowego i repertuaru TCR CRC i MTS wątroby PDAC.

Wyniki uzyskane przez ww. WP zostaną zestawione z danymi z obserwacji klinicznej i posłużą do kalibracji działań programowych ukierunkowanych na rozwój nowych ATMP.